Таким образом, концепции высшего богословского образования, предложенные Уставами 1869 и 1884 гг., представили два крайних варианта включения в учебный процесс научной составляющей. Положительные и отрицательные стороны имели и попытки активного вовлечения студентов-богословов в исследовательский процесс, на котором настаивали авторы Устава 1869 г., и последовательное обучение некоторым приемам научной работы на школьных примерах в рамках базовых курсов, которое предлагалось Уставом 1884 г. Реализация этих концепций, хотя и осложненная дополнительными проблемами и обстоятельствами, дала русской духовной школе опыт, который надо было учитывать и использовать для построения более удачных моделей научного богословского образования.
В середине 1890‑х гг., при подготовке новой реформы духовных академий, о бесплодной судьбе которой говорилось выше, на научную составляющую учебного процесса было обращено особое внимание[449]. Во всех проектах, мнениях, аналитических записках, составленных в эти годы в духовно-академической среде, отмечалось ослабление богословско-научной деятельности студентов и выпускников академий. Это проявлялось в слабости кандидатских сочинений, малочисленности магистерских диссертаций и практическом отсутствии докторских диссертаций выпускников, не относящихся к корпорациям духовных академий[450]. Выделялись главные проблемы, связанные с младшими степенями: многопредметность, равноценность всех наук в образовании каждого студента, отсутствие специальной научной настроенности. Редкие случаи продолжения научной деятельности выпускниками академий объяснялись тем же отсутствием научной настроенности и дальнейших условий для научной работы. Но видение путей улучшения ситуации было различным. Наиболее показательны проекты Совета СПбДА и личный проект профессора СПбДА Н. Н. Глубоковского.
В основу проекта Совета СПбДА легли предложения В. В. Болотова.
B. В. Болотов считал, что научная подготовка студентов определяется не Уставами, а системой руководства и разумной учебно-научной аттестацией. Он выдвигал два главных предложения по усилению научной