Однако заявленные в проекте принципы – сокращение общеобязательного богословского образования, научной специализации, практической подготовки к научно-исследовательской и преподавательской деятельности – вызвали бурную дискуссию. В отзывах архиереев, рецензирующих проект (см. 1.3), «отделенская» специализация подверглась почти единогласной критике[417]. Митрополит Арсений (Москвин), архиепископы Антоний (Амфитеатров) и Евсевий (Орлинский) признавали полезным стремление авторов проекта поставить академии на одинаковый с университетами уровень в учебном и научном отношении. Но в полученном результате архиереи видели лишь механическое копирование университетских принципов. Полной богословской специализации академий проект не проводил, а внутреннее дробление богословских наук по отделениям разрушало и прежнюю богословскую научную систему. Так как без изучения целостной системы научного богословия невозможно формирование ученого, такое дробление, по мнению архиереев, должно было неизбежно повлечь подрыв научного богословского образования. Ранняя специализация будет деформировать сознание будущего богослова и заставит, даже при сохранении основных богословских наук в числе общеобязательных, заниматься только теми из них, которые имеют отношение к его отделению. Не менее серьезные возражения вызвало выделение 4‑го курса для особых специально-практических занятий: критиковалось сокращение общего курса высшего духовного образования, предполагалась неготовность академий к описанным в объяснительной записке занятиям.
Окончательный вариант Устава