Несмотря на изменения, происходящие на протяжении XIX – начала XX в., научно-богословская аттестация сохраняла определенную стабильность: два этапа оценки научной работы, присуждение ученых степеней и утверждение этого акта. Присуждение степеней проводилось органами конкретной академии, утверждение в степенях проводилось церковной властью, высшей или епархиальной, либо специальными органами при этой власти (КДУ в 1814–1839 гг.).
Институт научно-богословской аттестации по своим организационным принципам был очень похож на институт научной аттестации российских университетов, особенно на уровне присуждения ученых степеней. В частности, общей чертой было то, что диссертационными советами были органы, исполнявшие и административно-управленческие функции. Однако было и отличие, связанное с факультетской структурой университетов. В университетах диссертации обсуждались и защищались в факультетских ученых собраниях, а Совет университета имел преимущественно административно-утверждающие полномочия. Главный орган академии – в период 1814–1869 гг. Конференция, а после 1869 г. Совет академии – на протяжении всего времени деятельности системы научно-богословской аттестации исполнял роль диссертационного совета. Даже в 1869–1884 гг., когда академии отчасти восприняли университетскую структуру, а учрежденные в них отделения получили статус квазифакультетов, официальные защиты диссертаций проводились академическими Советами. Эта научно-организационная черта, обусловленная отчасти и малочисленностью духовно-академических корпораций, имела основание и в единстве богословия как научной области. Это же единство подтвердила недолговечность «отделенского» устроения.
Большее различие духовно-академической и университетской систем научной аттестации было на уровне утверждения ученых степеней. Святейший Синод, или органы при нем (КДУ в 1814–1839 гг.), был значительно теснее связан с процессом аттестации, чем Министерство народного просвещения, в ведомстве которого находились университеты.
Во-первых, Синод был утверждающей инстанцией для старших ученых степеней большую часть изучаемого периода (1839–1905, 1908–1917), а на протяжении первых 25 лет (1814–1839) старшие степени утверждались органом при Синоде. Во-вторых, процесс утверждения степеней был не формальной процедурой, а экспертной оценкой, ибо от Синода (или от КДУ в 1814–1839 гг.) назначался дополнительный рецензент (за исключением 1863–1869 гг.).
Такие положение и организация обеспечивали системе научно-богословской аттестации, с одной стороны, полноправное положение в государстве, с другой стороны, возможность учитывать особые задачи богословской науки и духовно-учебного процесса. Однако с этим положением и организацией был связан и ряд проблем, на которые будет указано в последующих главах монографии.
1.3. Иерархия и специализация