Немалую роль в научной аттестации при действии Устава 1869 г. играли отделения академий. Именно на заседаниях отделений, в которых участвовали все преподаватели данного отделения, происходило первое рассмотрение и первая оценка диссертаций, представляемых на соискание кандидатских, магистерских и докторских ученых степеней, обсуждение тем, которые давались студентам для кандидатских сочинений, производство магистерских, выпускных и переводных экзаменов и обсуждение мероприятий по подготовке к этим экзаменам[137]. Это доверие к отделениям подчеркивало, что научная аттестация на «рабочем» этапе теперь становится более специальной. И ученые сочинения, представляемые в качестве диссертаций, и экзаменационные ответы на ученые степени, по мнению авторов Устава 1869 г., могли по достоинству оценить только профессионалы в этой области богословия.
При подготовке реформы 1869 г. неоднократно обсуждался и вопрос о наиболее адекватной форме центрального духовно-учебного управления. Этот вопрос затрагивали и особые Комитеты при Святейшем Синоде, учреждаемые для разработки проекта Устава духовных семинарий и училищ 1860–1862 и 1866–1867 гг., и частные лица[138]. Все проекты и мнения сходились в одном: орган духовно-учебного управления должен обладать достаточной компетенцией для решения учебных и ученых дел. Функции этого органа по отношению к богословской науке предполагалось даже отразить в названии: Ученый совет или Ученый комитет, подобно Ученому комитету при Министерстве народного просвещения. Однако мнения расходились в определении границ власти проектируемого органа и круга его занятий. В 1862 г. бывший профессор МДА Н. П. Гиляров-Платонов, критикуя очередной проект