Но так как Конференция была все же теснейшим образом связана с учебной частью академии, а научными деяниями наиболее активно занимались члены преподавательской корпорации, важную роль в делах и решениях Конференции играл ректор академии. Особенно это было заметно, когда ректором становился ученый-богослов с собственными идеями, научными и учебными проектами. Так, в СПбДА особыми эпохами были периоды ректорства архимандрита Филарета (Дроздова) (1812–1819), архимандрита Григория (Постникова) (1819–1825), епископа Евсевия (Орлинского) (1847–1850), архимандрита (с 1851 г. епископа) Макария (Булгакова) (1850–1857); в МДА – архимандрита Филарета (Гумилевского) (1835–1841) и архимандрита Евсевия (Орлинского) (1841–1847); в КДА – архимандрита (с 1837 епископа) Иннокентия (Борисова) (1830–1839), архимандрита Димитрия (Муретова) (1841–1850), архимандрита Антония (Амфитеатрова) (1851–1858).
Действительные члены делились на внутренних, то есть профессоров академии, и внешних – представителей образованного духовенства округа, «известных со стороны просвещения, трудолюбия и готовности исполнять поручения, на них возлагаемые». Непременно в состав Конференции включался ректор местной духовной семинарии, а часто и инспектор, настоятели городских монастырей и протоиереи некоторых городских церквей, если они имели академическое образование, профессор богословия городского университета. С конца 1820‑х гг. в состав Конференции СПбДА стали включаться викарные епископы, несколько позднее это же произошло и в Конференции МДА: во-первых, эти архиереи чаще всего сами были недавними ректорами академий; во-вторых, митрополиты часто поручали викариям ревизии академий, и присутствие на испытаниях, наблюдения преосвященных были важны для Конференций[100]. Члены-корреспонденты выбирались самой Конференцией из духовенства и светских лиц и должны были доставлять ей «полезные сведения обо всех открытиях, относящихся к духовной учености»