В 1769 году Ф.Эпинус был «пожалован статским советником и определён при Коллегии иностранных дел при особливой должности». За успешную работу в сфере дешифровки в 1773 году он получил чин действительного статского советника. Ф.Эпинус почти всю свою жизнь провёл в России, которая стала для учёного второй Родиной.
Пользователями шифров, созданных в КИД, были: императрица (индивидуальные шифры для переписки с избранными лицами), кабинет императрицы (общие и индивидуальные шифры для переписки с высшими чиновниками государства), КИД (общие и индивидуальные шифры для переписки, приблизительно с 70 дипломатическими представителями России за рубежом и их между собой; для переписки с иностранными дворами; специальные шифры для переписки с тайными агентами русского правительства), армия и флот.
В конце XVIII века дешифровальная служба России также читала французскую дипломатическую переписку. Этот результат было получен в результате сочетания аналитических методов раскрытия шифров, которыми пользовалась криптослужба, и работы агентов русской разведки, добывавших французские шифры. Русское посольство через секретаря посольства А.Машкова завербовало к себе на службу в качестве секретного агента одного из чиновников Министерства иностранных дел Франции.
Таким образом, русский посол во Франции барон Иван Матвеевич Симолин (1720-99) получал и пересылал в Петербург шифры и ключи к ним, которыми пользовались в своей переписке госсекретарь Франции по иностранным делам граф де Монморен Сент-Эран и французский поверенный в делах в России Эдмонд Жене. В результате Россия получала разведывательную информацию в течение длительного периода, даже после того, как И.М.Симолин вынужден был покинуть революционную столицу Франции после неудачной попытки помочь вывезти Людовика XVI из Парижа.
Кроме дешифровки Ф.Эпинус занимался также и разработкой шифросистем. Его подчинённые готовили конкретные «цифири», которые тиражировались на бланках, печатавшихся в академической типографии. «Цифирные азбуки и разныя другия бумаги тайн подлежащие» хранились в КИД в отдельном от пользователей хранилище в идеальном порядке и выдавались для шифрования и дешифровки депеш на считанные часы, указываемые в ведомостях. Эти операции проводились обученными «разборщиками», которые находились на должностях актуариусов.
Шифрование корреспонденции императрицы и Кабинета осуществлял кабинет-министр и его штат, а Канцлера – четыре секретаря, работавшие круглосуточно. Одним из них много лет был русский писатель Денис Иванович Фонвизин. Доставка шифров и депеш Канцлеру или Кабинету осуществлялась курьерами из сержантов гвардейских полков по жёстко регламентируемому времени передвижения.
Задачей несравненно сложнее, чем создание шифров, была для Эпинуса дешифровка текстов. Этим делом Ф.Эпинус занимался лично со своим помощником, выходцем из немцев, Иоганном Георгом Кохом (1739-1805). Начав свою карьеру в 1762 году копиистом