С самого начала 1990-х Александрия начала стремительно преображаться, застраиваясь стеклобетонными офисами, гостиницами и банками. Для их возведения стали сноситься трущобы, и археологам было разрешено работать на строительных площадках в течение пары недель между расчисткой места для строительства и закладкой фундамента.
Даже в такой спешке удалось немало сделать. Например, продолжить изучение Цезарея, дойдя, к сожалению, лишь до слоев, относящихся к IV веку от Р. Х. А непосредственно на месте строительства здания Новой Библиотеки найти фрагменты мозаичных полов птолемеевских дворцов.
Но основное внимание в эти годы было уделено изысканиям на дне Александрийской бухты.
Там пытались работать в 1930-е и в 1960-е годы, но результаты оказались малы ввиду тогдашнего несовершенства используемого водолазного снаряжения, первых аквалангов и аппаратуры для подводных съемок. В отличие от прозрачных вод остального побережья, вдоль которого город протянулся уже на сорок километров и где много прекрасных песчаных пляжей, воды бухты, опоясанной ещё при Птолемеях дамбами (главная, ведущая на Фарос, теперь стала перешейком почти километровой ширины), сильно замутнены, а дно покрыто илистыми отложениями. Порт переместился на Запад, за перешеек, поэтому бухта почти пуста; остались лишь рыбный рынок, да стоянка для прогулочных катеров и яхт возле турецкого форта Каит-Бей. Там, где в древности возвышался Александрийский Маяк.
Подводными исследованиями конца ХХ века руководили французские археологи Жан-Ив Амперер, профессионал-антиковед, выпускник Сорбонны, возглавивший учреждённый в 1990 году Центр исследований Александрии (Centre d'Études Alexandrines), и Франк Годдио, основатель и директор Европейского института подводной археологии (Institut Européen d'Archéologie Sous-Marine). Он, не в пример своему коллеге-гуманитарию Ампереру, изучал математику, экономику и статистику в парижской École Nationale de la Statistique et de l'Administration Économique, был преуспевающим чиновником. Но любовь к подводной археологии, в конце концов, превратилась для него из увлечения в профессию.
Под водой, на глубине до пяти метров, были обнаружены колоннады, опоясывающие когда-то Царскую гавань, многочисленные изваяния сфинксов, обелиски, статуи богов и правителей, саркофаги, монеты. На затопленной территории бывшего о. Антирродос археологи вскрыли фундаменты дворца Клеопатры VII и Тимония, резиденции Марка Антония. Самыми крупными находками стали извлечённые из воды две статуи: одна – божества реки Нил, другая – царя, как сочли в начале, Птолемея I Сотера. Теперь она отождествляется с образом Птолемея XII и считается парой к статуе Исиды или Хатхор, поднятой со дна ещё в 1962 году. В облике этой богини, предположительно, увековечена Клеопатра VII. Обе многометровые фигуры стояли у подножья Александрийского Маяка, фундаменты которого также выявили под водой, восточнее турецкого форта.
Больше всего удивил тот факт, что все артефакты, как скульптура, так и фрагменты зданий, были исполнены в совершенно египетской