Попытка создания ведомственной комиссии была связана с инцидентом 1907–1908 гг., в результате которого был издан синодальный Указ 30 ноября 1909 г. по Определению Синода от 28 сентября—2 ноября 1909 г. за № 7788, вновь запрещающий перестраивать и реставрировать древние церкви без согласования с Археологической комиссией[82]. Поводом для него послужил запрос «одного из епархиальных архиереев» о предоставлении ему права самостоятельно решать вопросы перестройки и ремонта без сношений с Синодом. Речь шла о конфликте вокруг некоего храма 1670 г., когда ИАК обвинила архиерея в его самовольном переустройстве и разрушении. Синод постановил, что вопрос о перестройке древних храмов не может входить в компетенцию местных консисторий, и вновь подтвердил Указ 11 марта.
Нам удалось установить, что указанный конфликт связан с свщмч. митрополитом Московским Владимиром и Богоявленским монастырем в Москве. В свое время монастырская братия во главе с епископом Дмитровским Трифоном (Туркестановым) начала сносить древний надвратный храм в честь свт. Николая ради постройки четырехэтажного доходного дома. Работы были остановлены МАО, и 17 августа 1907 г. монастырское руководство сняло с себя всякую ответственность за сохранность полуразобранной церкви на Никольской улице. В то же время свщмч. Владимир 15 августа пишет, что ворота не были разобраны, а была сломана лишь их западная стена. Однако еще 3 августа осмотр установил, что митрополит был кем-то введен в заблуждение: к этому дню были снесены уже три стены и крыша храма. История 1907 г. закончилась тем, что МАО обратилось к митрополиту с запросом, не сочтет ли тот возможным предотвратить повторение подобного[83]. Однако уже на будущий год преосвященный Трифон задумал устроить Никольский придел в галерее Богоявленского собора, используя для этого престол только что разрушенного храма. Поскольку это предусматривало серьезное переустройство галереи, МАО, а затем и ИАК ответили отказом. Св. митрополит Владимир обратился в Синод, что и вызвало постановление 12 января 1909 г. об обязательности согласования вопросов ремонта и реставрации в ИАК.
Это постановление было тут же опротестовано МАО как якобы не соответствующее закону. Графиня Уварова, используя расплывчатость юридических формулировок, выдвинула свое толкование статьи 78 Строительного устава, которая предписывала согласовывать с ИАК лишь реставрацию монументальных памятников, тогда как статьи 91 и 95, охватывающие, по ее мнению, все остальные