С 1891 г. протоколы Комиссии стали публиковаться в виде отдельного тома «Древностей» – официального издания МАО. Комиссия действительно вела работу огромного масштаба, о которой ИАК со своим ограниченным штатом и финансовыми возможностями не приходилось и мечтать. В 1909 г. на Комиссии рассматривалось 323 дела, посвященных вопросам архитектурных работ, в 1911 г. – 331, в 1912 г. – 477, в 1913 г. – 325, в 1914 г. – 360 г. Впрочем, отношения МАО и графини Уваровой складывались сложно не только с ИАК. Московский митрополит свщмч. Владимир (Богоявленский) в 1912 г. отказал членам общества в праве войти в комиссию по реставрации Успенского собора Троицкой Лавры, а еще ранее, 12 сентября 1902 г., была создана Комиссия по осмотру и изучению памятников церковной старины Москвы и Московской епархии при Обществе любителей духовного просвещения под председательством А. Успенского, очевидно, как некая альтернатива Комиссии МАО.
На укрепление позиций ИАК графиня Уварова вновь отреагировала письмом к императору (14 декабря 1901 г.), содержащим просьбу даровать МАО особые полномочия по реставрации памятников церковной старины, «по крайней мере», в районе Московского учебного округа, поскольку эти вопросы требуют «ближайшего надзора и быстрого рассмотрения дел». 4 января 1902 г. Государь ответил обществу через Синод. Суть ответа сводилась к тому, что повеление 11 марта остается в силе, но не служит к ограничению деятельности Общества, так как на местах консистории могут запрашивать мнение и отзывы МАО, а в исключительных случаях на заседания ИАК приглашаются и члены Общества. Графиня Уварова поняла ответ Государя по-своему и вновь написала в Синод письмо с просьбой разослать циркуляр о том, что синодальное распоряжение от 2 декабря 1901 г. о правах ИАК не служит к уничтожению силы Указа 1879 г. о правах МАО [80]. Вообще же царь-мученик обладал удивительно трепетным отношением к древности и постоянно подчеркивал, что Церковь обязана в своей реставрационной деятельности следовать указаниям Императорской археологической комиссии.
В феврале 1905 г. последовало очередное распоряжение обер-прокурора о соблюдении Указа 11 марта, причиной чему стали безграмотные