Считается, что именно эти слухи и письмо графини Уваровой императору стали причиной отправки в Смоленск синодальной комиссии в сентябре 1907 г. Однако письмо было написано 8 апреля 1908 г., когда комиссия уже завершила свою работу, а преосвященный Петр был отправлен на покой. Очевидно, у Синода были свои резоны в этом расследовании. Комиссию, вместе с обер-секретарем Синода П. Мудровым, возглавил епископ Могилевский Стефан (Архангельский), сменивший в свое время Петра на кафедре епископов Сумских, викариев Харьковской епархии. Ему были хорошо известны «художества» своего предшественника. Самым драматическим моментом работы комиссии стал пожар в древлехранилище в ночь со 2 на 3 октября 1907 г., уничтоживший 150 экспонатов. Уже 15 февраля 1908 г. Петр был отправлен на покой и до своей кончины в 1918 г. так и не назначался на кафедру. Описывая состояние Смоленского древлехранилища, К. Здравомыслов прямо указывает: музей «сгорел и расхищен», а обер-прокурор П. Извольский на заседании Совета Министров 24 июля 1908 г., защищая действенность синодальных мер по охране церковной старины, признал, что епископ Петр похитил и продал несколько предметов, за что был «немедленно уволен». Указом Синода 7 июля 1908 г. остатки музейных экспонатов были переданы на хранение в ризницу Успенского собора. Новый период в жизни музея и комитета начинается лишь в 1911 г. при епископе Феодосии (Феодосиеве) по инициативе А. Соболевского. Но и этого архиерея мало волновала церковная старина. Затеянный им ремонт помещения, предназначенного для музея, так и не был закончен, и экспонаты не покинули ризницы.
Однако особая роль в охране памятников православной старины в России принадлежит Императорской Археологической комиссии (ИАК), созданной 15 февраля 1859 г[70]. Ее первым председателем был граф Сергей Строганов (1794–1882). Время председательства директора Эрмитажа Александра Васильчикова (1832–1890) в 1882–1886 гг. было переходным периодом. Однако этот человек во многом подготовил последующую славу этого государственного учреждения как органа охраны памятников. Как минимум трижды, 20 октября 1882 г., 22 декабря 1882 г. и 26 ноября 1883 г., он обращался к министру Двора с проектом реорганизации Комиссии в настоящий надзорный орган. Характерен разительный аргумент в пользу организации в России службы охраны памятников: «Даже в Турции есть нечто подобное».
Новая жизнь Комиссии начинается в 1886 г. с приходом на должность председателя графа Алексея Бобринского (1852–1927). «Высочайшим повелением» 11 марта 1889 г. ИАК была дарована функция согласования проектов реставрации памятников («реставрация монументальных памятников древности производится по предварительному соглашению с ИАК и по сношению ее с Императорской Академией художеств»). Положение об ИАК было внесено в Свод законов Российской Империи (Т. 1, ч. 2, ст. 914, разд. XII), а повеление 11 марта было доложено Правительствующему сенату министром юстиции и включено в Собрание узаконений и распоряжений Правительства