Другие протоколы, как правило, вносящие поправки в основной текст, имеют целью изменить систему защиты в одном или нескольких моментах, относящихся к самой процедуре. Последний такой протокол (протокол № 11), ратифицированный всеми присоединившимися государствами (последний документ о ратификации был подписан Италией 1 октября 1997 года), вступил в силу 1 ноября 1998 года.
3.3. Реформа системы защиты. Протокол № 11. Незаконченная реформа? Подготовленный к подписанию в мае 1994 года, этот протокол имеет целью сделать европейскую правовую систему в области прав человека более эффективной, поскольку он упростил процедуру и, следовательно, ускорил изучение обращений. Речь идет, в общем, о возвращении к истокам, к первым предложениям, сформулированным с целью создать систему защиты, имеющую судебный характер.
После реформы судебных органов, изначально предусмотренных текстом Конвенции 1950 года, Комиссия и Европейский Суд по правам человека были заменены одним единственным органом: новым Европейским Судом по правам человека. Несмотря на то, что он получил то же самое название, что и его предшественник, современный судебный орган ЕКПЧ должен рассматриваться как новый Суд, отличающийся от предыдущего, поскольку на него возложены не только функции по ведению следствия и расследованию, а также по примирению сторон (эти функции раньше выполняла Комиссия), но и обязанности выносить решения (раньше эти обязанности возлагались на старый Суд). Таким образом, новый Суд стал единым органом, принимающим решения в рамках одной конфликтной ситуации.