Вскоре Иннокентий Михайлович передал колоссальную сумму своему духовнику Давиду для завершения работ на подворье, на строительство собора апостола Андрея Первозванного на Афоне и храма свт. Иннокентия Иркутского – 2400000 руб![82]. Он твердо осознает, что монашество – единственно приемлемый для него путь, и в 1894 г. он поступает на Андреевское подворье в Петербурге. 1 октября 1896 года, в возрасте 35 лет он принимает постриг в рясофор и в тот же день отправляется на Афон. Скинув мирской костюм, примеряя монашеский подрясник, он произнес знаменательные слова: «Как хорошо в этой одежде! Нигде не давит! Слава Богу! Как я рад, что в нее оделся!» Особенно привлекает о. Иннокентия безмолвная жизнь иноков. Он ищет уединения. Возможно, на него повлиял пример известного подвижника Андреевского скита молчальника Андрея, подвизавшегося неподалеку от скита. Иннокентий берет благословение у игумена скита и строит недалеко от скита маленькую келлью с храмом в честь великомученицы Варвары и преподобного Михаила Клопского, небесных покровителей его родителей. Там он поселяется вместе со своим духовным отцом архимандритом Давидом, с которым он теперь связан неразрывно. Поэтому ему на краткое время приходится вернуться в Петербург, так как о. Давид снова назначается настоятелем подворья. Трудно было покидать афонское уединение, но скоро его духовный наставник вновь возвращается на Афон, и с ним о. Иннокентий. Там он вскоре принимает постриг в мантию с именем Иоанн, а затем и в великую схиму опять с именем Иннокентий[83].
На сорок первом году жизни о. Иннокентий, недолго поболев, переселился в обители вечные. Это произошло 6 ноября 1901 г. Братия монастыря отмечала, что на Афоне о. Иннокентий проводил строго постническую и аскетическую жизнь. Нельзя не удивляться, как человек, с детства приученный к изысканным блюдам, питался грубой монастырской пищей наравне со всеми монахами, в большинстве своем выходцами из крестьянской среды. Никогда и нигде не позволил себе выделиться среди остальной братии строитель одного из самых больших соборов в православном мире, вмещавшего 5000 человек[84]. В 1900 году совершается освящение собора, слышится множество благодарственных речей. Только не слышим мы ни одной похвалы в адрес главного ктитора – схимонаха Иннокентия. Даже о кончине его сообщали скупые телеграфные строки.
Важно заметить, что афонская монашеская жизнь того времени знала иные примеры. Они характерны для греческих штатных (идиоритмических) монастырей. В них каждый вкладчик получал соответственную его вкладу честь.