Боевое крещение экипаж получил 4 августа 1812 года при обороне Смоленска, отражая атаки французской кавалерии на Королевский бастион и мост через Днепр. После он неоднократно принимал участие в военных кампаниях. За период Отечественной войны 1912 года экипаж потерял 53 моряка; 16 матросов были награждены Георгиевскими крестами.
Прославились гвардейцы и в битве под Бауценом в Саксонии. Блистательным подвигом экипажа стало участие в кровопролитном сражении под Кульмом в Богемии. Под начальством генерала А. Ермолова моряки успешно отражали атаки французского корпуса Вандама. За мужество они заслужили высшую боевую награду – Георгиевское знамя.
Вместе с российской гвардией Экипаж вступил 19 марта 1814 года в столицу поверженной наполеоновской империи – Париж. Вернувшись из Гавра в Кронштадт на фрегате «Архипелаг», 30 июля моряки в составе гвардии торжественно вошли в Санкт-Петербург через установленные у Нарвской заставы Триумфальные ворота.
Через год в составе Экипажа появился первый боевой корабль – 24-пушечная яхта «Россия». 5 июня 1819 года в память о сражении при Кульме кораблям Гвардейского экипажа были присвоены стеньговые флаги и вымпелы с изображением Святого Георгия.
Наряду с несением службы в столице и загородных резиденциях, моряки участвовали в дальних походах российских кораблей. На каждом паруснике, отправлявшемся в кругосветное плавание, находился офицер-гвардеец.
Экипаж участвовал почти во всех войнах, что вела Россия, в том числе при осаде Варны, в Венгерском походе, отличился при обороне Кронштадта в Крымскую войну. Во время русско-турецкой войны 1877–1878-х годов моряки сражались на Балканах. За героизм и доблесть в этой войне гвардейцев наградили серебряными Георгиевскими рожками, а нижним чинам было присвоено ношение георгиевских лент на бескозырках.
Прославились они и в русско-японскую войну. Геройски сражался в Цусимском сражении броненосец «Император Александр III». С погибшего, но не спустившего флага корабля не уцелел никто.
Гвардейцами была укомплектована во Владивостоке одна из первых русских подводных лодок «Фельдмаршал граф Шереметьев».
В мирное время личный состав нес службу вместе с другими частями Гвардейского корпуса. Летом моряки плавали на кораблях Балтийского флота и императорских яхтах. К 1910 году гвардейцами был укомплектован крейсер «Олег», эсминцы «Войсковой» и «Украйна», императорские яхты «Штандарт», «Полярная звезда», «Александрия», «Царевна», «Марево», посыльные суда «Разведчик» и «Дозорный».
В списках Гвардейского экипажа числилось пять адмиралов, штаб и обер-офицеры флота, инженеры-механики, медики, офицеры по адмиралтейству, классные чиновники, кондукторы, две тысячи унтер-офицеров и матросов. Причисленными к нему были император