Российскому императору понадобилось более двух месяцев, чтобы окончательно осознать, что в лице Японии Россия столкнулась вовсе не с таким заведомо слабым противником, как ему представлялось накануне войны. К практическому решению проблем своих военно-морских сил на Дальнем Востоке Николай II обратился в начале апреля 1904 г., едва, по собственному выражению, «опомнившись от ужасного несчастья» – гибели адмирала Макарова на броненосце «Петропавловск». 2 (15) апреля он принял бывшего командующего Тихоокеанской эскадрой адмирала Старка, 5 (18)-го выслушал очередной пространный «морской доклад», а 12 (25)-го долго беседовал с начальником Главного морского штаба контр-адмиралом свиты Рожественским, которому тогда особенно благоволил136. В ходе этих совещаний был принципиально решен как вопрос о формировании новой эскадры и посылке ее на Дальний Восток, так и проблема ее командующего. Еще 31 марта (12 апреля) в интервью французской газете «Petit Parisien» Рожественский признал, что вопрос о нем как командующем эскадрой, фактически, уже решен, причем на самом высоком уровне137. 17 (30) апреля дядя царя, генерал-адмирал великий князь Алексей Александрович приказом по морскому ведомству распорядился именовать бывшую Тихоокеанскую эскадру 1-й, а суда, строящиеся на Балтике, – 2-й эскадрой флота Тихого океана. 19-го числа командующим новой эскадрой был утвержден Рожественский с оставлением в должности начальника Главного морского штаба. Инициатива этого назначения исходила от Николая II и его дяди, генерал-адмирала. Сам же Рожественский, судя по воспоминаниям его соратников и его собственным позднейшим документам, не хотел брать на себя эту тяжелую обузу, будучи вообще против посылки эскадры в планировавшемся составе. Однако, как человек чести и долга, он счел себя не вправе официально заявлять об этом и принял новое назначение.
В августе 1904 г. на секретном совещании в Петергофе 2-й эскадре была поставлена задача соединиться в Порт-Артуре с кораблями 1-й и, нанеся поражение главным силам японского флота, завоевать господство на море. Однако вскоре 1-я русская Тихоокеанская эскадра была окончательно обессилена, а 20 декабря 1904 г. после многомесячной осады пал и Порт-Артур. Вместо того, чтобы немедленно вернуть 2-ю эскадру из Индийского океана домой, смириться с тем, что война проиграна, и начать переговоры о заключении «мира не унизительного» (первый мирный зондаж через своего посланника в Лондоне Япония предприняла уже в июле 1904 г.138, а в рассуждения относительно будущих мирных переговоров японская печать пустилась еще в марте того же года), Николай лично настоял на продолжении похода. Тогда же «Новое время» опубликовало большое письмо адмирала Бирилева, в котором тот доказывал, что «2-я эскадра есть огромная, хорошо сформированная и укомплектованная сила, равная силам японского флота и имеющая все шансы на полный успех в открытом бою»