Однако надзор, установленный за этой железной дорогой, далеко не всегда был эффективен. В сентябре 1904 г. Департаменту полиции стало известно, что «японским правительством был командирован в Россию для осмотра железных дорог агент, которому удалось подробно осмотреть Сибирскую железную дорогу вплоть до Байкала»111. Имя этого агента так и осталось нераскрытым, и, по свидетельству очевидца, японцы продолжали более или менее свободно наблюдать за переброской войск «на многих станциях Сибирской железной дороги»112. В марте 1904 г., по просьбе японского посланника в США, американский госсекретарь Джон Хэй (J. Hay) поручил послу в Петербурге Маккормику (R. McCormick) похлопотать перед российскими властями об облегчении возвращения на родину 40 тысячам японцам, проживавшим в Сибири113.
На юге России контрразведчикам удалось выйти на след бывшего японского консула в Одессе Ижима Каметаро. Если верить газете «Одесские новости», которая в свою очередь ссылалась на лицо, «близко стоявшее к японскому консульству в Одессе», еще до начала русско-японской войны Ижима имел тайных информаторов в Турции, Персии, Сербии, Болгарии и на Кавказе и вообще демонстрировал повышенный интерес к политике России на Балканах114. С началом войны по распоряжению министра Дз. Комура вместе с другими сотрудниками консульства он покинул Россию и перебрался в Вену, где, по данным Департамента полиции, возглавил один из центров японской «разведочной службы» с агентурой в Харькове, Львове и Одессе115. Несмотря на предпринятые усилия, поиски агентов бывшего консула в Харькове и Львове успехом не увенчались, зато одного из его одесских информаторов, японца То-гаси Киичи, обезвредить удалось, что также следует занести в актив российской контрразведки. На след Тогаси, слуги Ижима, который официально оставался в Одессе для присмотра за имуществом консульства, Департамент полиции