Если секретные спецподразделения Департамента полиции и Военного министерства действовали в центре, то на местах контрразведывательные операции проводили местные органы Департамента – Охранные отделения, а также Губернские жандармские управления (ГЖУ), подчиненные Департаменту в оперативном отношении. В первые месяцы войны они работали довольно рутинно и вяло, а их методы не отличались разнообразием. По большей части их деятельность заключалась в отслеживании и выяснении образа жизни и круга знакомств лиц так называемой «монгольской расы» – японцев, китайцев и корейцев. Характерно, что одним из основных источников информации в этом деле являлись сообщения патриотически настроенных граждан, нередко анонимные, или низших полицейских чинов. В феврале 1904 г., основываясь на одном из таких сообщений, директор Департамента полиции распорядился «собрать сведения обо всех японцах, в Петербурге и Петербургской губернии проживающих, и об их занятиях», что и было исполнено. «Разработка» этих сведений, однако, редко приносила ощутимые плоды и, как правило, заканчивалась безрезультатными обысками подозреваемых в военном шпионаже. Тем не менее, уже в первые месяцы войны в распоряжении властей имелись списки большинства японцев, по тем или иным причинам находившихся на русской территории. За многими из них, а в Петербурге с февраля 1904 г. – за всеми было установлено негласное наблюдение. В начале февраля 1904 г. газеты сообщили о принудительном отъезде в Константинополь труппы японских акробатов, гастролировавшей в Крыму, в апреле – об аресте на железнодорожной станции Грязовец близ Вологды двух японцев, у которых были обнаружены карта Архангельска и непонятно для чего им понадобившийся план Соловецкого монастыря97, и т.д.
Куратором розыскной работы по подозрению в «военном шпионстве» на территории Европейской России в первое время являлся помощник начальника столичного Охранного отделения жандармский ротмистр В.Ф. Модль, который действовал под непосредственным руководством директора Департамента полиции. Именно силами «общей» полиции в Петербурге были выслежены и в августе 1904 г. арестованы японцы