Японскую разведку, как и мощь ее вооруженных сил в целом, в первое время недооценивали и другие современники. «Японская полиция и военные учреждения, конечно, имеют свою секретную службу, – писала в разгар войны “New York Times”, – но, конечно, она далеко не столь вездесуща, как так называемое Третье отделение русской полиции»61. Лишь впоследствии обнаружилось, что Токио сумел создать значительно более разветвленную зарубежную разведывательную сеть, чем Петербург. Ее агенты работали в России, Китае, Корее, в Индокитае и Индонезии, в странах Западной Европы, на Балканах и в Малой Азии. Работу японских разведчиков направляли Генеральный штаб, МИД и Морской штаб. Под началом первого действовали японские военные атташе, внешнеполитическое ведомство руководило тайными операциями, которые осуществляли официальные представители Токио в зарубежных странах, отделение военно-морской разведки 3-го управления Морского штаба Японии, действуя в основном через военно-морской атташат, разрабатывало и осуществляло разведывательные и подрывные акции, главным объектом которых были российские военно-морские силы. Важнейшие вопросы докладывались микадо и рассматривались на заседаниях гэнро – совета старейших государственных деятелей, ближайших и пожизненных советников императора. Вдобавок, по данным российской контрразведки, в годы войны в Японии действовали межведомственные органы, в задачу которых входило общее руководство и координация разведывательной и пропагандистской работы – Центральный разведывательный департамент и Бюро прессы. Задолго до войны с Россией во многих странах мира и особенно в дальневосточном регионе Япония создала собственные нелегальные резидентуры, а непосредственно перед ее началом и в ходе ее самой широко практиковала разовые разведывательные и диверсионные операции в соседних с театром войны странах, которые, как правило, поручала офицерам своего Генерального штаба. Специальные представители японского правительства в содружестве с дипломатами осуществляли международные акции в пропагандистской сфере.
Методы работы японских разведывательных органов как на собственной территории, так и в зарубежных странах специалисты позднее назвали «массовым», или тотальным шпионажем. Сотрудник английской разведки Рональд Сет утверждал, что японский опыт в этой сфере в 1930-е годы целенаправленно изучали в нацистской Германии (якобы этой теме свою диссертацию посвятил «сам» Рудольф Гесс), и он был там использован62. Своеобразным признанием заслуг японской разведки начала ХХ в. стала легенда о «природной склонности» к шпионству всех японцев вообще – об этом писали и Р. Сет, и многие другие специалисты, в том числе непосредственные участники событий – русские разведчики и дипломаты, зарубежные журналисты63. Японская система тотального шпионажа, хотя и опиралась на патриотические чувства своих граждан, но в то же время требовала огромных финансовых средств,