13 августа Е. В. Путятин вручил японским чиновникам письмо канцлера К. В. Нессельроде губернатору Нагасаки Осава Ситецу Бунго-но-ками. Губернатор отказался принять письмо для Верховного совета, но послал нарочного в столицу. Незадолго до этого Верховный совет принял письмо от командира американской экспедиции М. К. Перри [127], поэтому отказать России в подобной же просьбе японцы уже не могли. В ожидании ответа 18 августа Е. В. Путятин отправил шхуну «Восток» на Сахалин. Впоследствии командир шхуны В. А. Римский-Корсаков [128] вспоминал: «В августе месяце 1853 г. Адмирал отправил меня на шхуне с различными поручениями в Татарский пролив и к устью Амура. В данной мне по этому предмету инструкции, предписывалось, между прочим: осмотреть западный берег Сахалина, сделать съёмку той части его, которую не успел описать Лаперуз, поискать там бухт или якорных мест, разведать о японских селениях на острове и месторождении каменного угля, признаки, которых открыты были Лейтенантом Бошняком в предыдущем году» [129].
В. А. Римский-Корсаков возвратился в Нагасаки 3 ноября, а уже 6 ноября Е. В. Путятин, не дождавшись ответа от японцев, направляет в Верховный совет собственное послание. Узнав от Римского-Корсакова об основании на Сахалине Муравьёвского поста, он писал: «На Сахалине живут только туземцы, которые в культурном, торговом и ином плане являются очень отсталыми. Все они находятся под покровительством России. 3 месяца назад российский император издал указ, по которому Сахалин объявлялся российской землёй, поэтому туда были направлены войска. Японцы, если и приезжают на Сахалин для ведения рыбных промыслов и торговли, то лишь на крайний его юг в залив Анива на короткий срок. Из всего того, что утверждает японская сторона, мы можем признать только этот факт. Если японцы в дальнейшем будут жить на побережье залива Анива, то они, как и российские подданные будут находиться под покровительством российского государства» [130]. Этим ещё до начала переговоров Путятин подчеркнул российскую принадлежность Сахалина. В своём письме он вносил предложение по пограничному размежеванию: на Курильских островах провести границу между Кунаширом и Итурупом, оставив за Россией Итуруп, а на Сахалине провести границу по проливу Лаперуза, оставив Сахалин за Россией. Путятин просил также открыть для русских порт Хакодате и какой-либо другой недалеко от Эдо.
11 ноября Е. В. Путятин отплыл из Нагасаки в Шанхай, предупредив губернатора, что, если к его возвращению не будет уполномоченных для переговоров, он со всей эскадрой будет