Министерство иностранных дел подготовило подробную инструкцию для посольства Путятина с указаниями относительно задач экспедиции и методов ведения переговоров в Японии. Особенно подчёркивалась необходимость миролюбивых мер и дружеского тона. Подробная инструкция для Путятина была подготовлена и морским министром А. С. Меншиковым [117]. Ему поручалось собрать сведения обо всём, что происходит у побережья русских владений в Восточной Азии и западной части Северной Америки. Е. В. Путятину были вручены грамота Николая I японскому императору и письмо К. В. Нессельроде японским властям.
Эскадра вице-адмирала Е. В. Путятина состояла из четырёх кораблей. 7 октября 1852 г. он вышел из Кронштадта на фрегате «Паллада» [118], винтовая шхуна «Восток» [119], корвет «Оливуца» и судно Российско-Американской компании «Князь Меншиков» должны были присоединиться по ходу следования.
Направление российского посольства в Японию и продвижение эскадры вызвало беспокойство западных держав и США. Особое беспокойство и озабоченность проявили голландцы. В апреле 1852 г. Ф. Зибольд [120], немец по национальности, работавший врачом в голландской фактории на о. Дэсима в 1823–1829 гг., представил нидерландскому министру колоний доклад, в котором рекомендовал голландскому правительству выступить посредником в случае переговоров Японии с каким-либо иностранным государством. Записка Зибольда была одобрена, и он направил 8 ноября 1852 г. русскому посланнику в Австрии П. К. Мейендорфу, с которым Зибольд был знаком, свой план установления отношений России с Японией. «Узнав о намерении Русского Правительства, – вспоминал он впоследствии, – снарядить экспедицию в Японию, я, для пользы науки и всеобщей торговли, обратился к одному из высших русских сановников и сообщил ему в особой записке (8 ноября 1852 г.) моё мнение об японском вопросе, приложив только что вышедшую Историю открытий в Японском море и составленный мною атлас Японии, как руководство для предполагаемого путешествия. Вследствие того я получил обязательное приглашение из С. Петербурга (25 декабря), в следующих выражениях: «Ваше письмо и приложенный к нему мемуар, по надлежащему их рассмотрении, возбудил здесь желание собрать из ваших уст пояснения и дополнительные сведения о вопросе, известном вам точнее, нежели другому европейцу» [121]. В своей записке Зибольд упоминал и о Сахалине, советуя в случае отказа японцев от переговоров занять остров Сахалин, который наиболее подходит для учреждения там русской торговой фактории и занимает стратегическое положение с точки зрения морской навигации и торговых путей по Амуру [122].
В результате консультаций с Зибольдом было решено заменить письмо Николая I японскому императору на письмо канцлера Нессельроде японскому Верховному