В марте следующего года святитель Иннокентий получил новый указ – опять переселиться в Иркутский Вознесенский монастырь. Начальником миссии в Пекине был назначен архимандрит Антоний.
Только владыка успел устроиться в Вознесенском монастыре, как из Петербурга пришло новое высочайшее повеление: быть ему самостоятельным епископом Иркутским и Нерченским.
На новом месте владыка Иннокентий столкнулся с теми же проблемами, что и в Селенгинске. По-прежнему не на что было жить, не было крыши над головой. Консистория отказалась платить ему жалование на том основании, что назначено оно было якобы для проживания в Китае, а не в Иркутске. В то время Иркутск еще не разросся до пределов Вознесенского монастыря, и владыке приходилось часто путешествовать по плохой дороге в город и обратно. Будучи не очень здоровым человеком и тяжело перенося переезды, он просил граждан Иркутска дать ему на время помещение. Но не нашлось среди иркутян того, кто бы принял его в свой дом.
Наконец в 1728 году провинциальная канцелярия сжалилась над владыкой и отвела ему дом боярского сына Димитрия Елезова.
Немногим более четырех лет окормлял он иркутскую паству, но и это время употребил он с великой пользой. Владыка Иннокентий не отличался крепостью здоровья, особенно страдал головными болями, но ни молитв, ни смирения плоти, не оставлял. На теле он носил власяницу, поверх которой всегда был подрясник из шкуры лося и кожаный пояс с железной пряжкой. Молиться святитель любил в пещере за монастырской оградой, которую выкопал основатель Вознесенской обители старец Герасим. Еще был у святителя обычай обходить по ночам Вознесенский храм и молиться на него с четырех сторон.
Владыка постоянно и тяжело трудился. Днем помогал тянуть сети тем, по ночам шил для учеников обувь. Своими руками посадил в монастыре два кедра. И ни на мгновение не оставлял главного дела – проповеди Слова Божия. Язычников, во множестве, обращал в Православие. Местных язычников, проживавших вокруг Иркутска, – не только семьями, но и целыми стойбищами. Из новокрещенных бурят образовалось целое поселение Ясачное.
Ему надлежало по должности творить суд, и он никогда не перекладывал на других это неприятное дело. Всегда решал сам, входил во все обстоятельства дела, быстро принимал решения.
При всех неблагоприятных условиях в его правление почти полностью закончилось строительство кафедрального Богоявленского собора. При Вознесенском монастыре еще архимандритом Платковским была устроена монгольская школа. Святитель Иннокентий не