В четверг 25 ноября страдания святителя стали чрезвычайными. Братию и всех городских священников он просил молиться о себе и отслужить после литургии параклис[14].
В субботу 27 ноября 1731 году в седьмом часу утра святитель скончался. О том было доложено вице-губернатору Жолобову. Вице-губернатор, непомерно корыстный и алчный человек, решил воспользоваться случаем и отобрал не только все имущество владыки, но и часть монастырского достояния. Обобрав, таким образом обитель, он лишил братию не только возможности похоронить святителя Иннокентия, но даже и литургию невозможно было совершать за неимением вина. И только после настойчивой просьбы Жолобов выделил на погребение святителя триста рублей, запретив при этом впредь обращаться к нему.
Погребение святителя было совершено 5 декабря.
Вскоре после кончины святителя Господь явил суд над его обидчиками. Архимандрит Антоний (Платковский), до последней степени обесчещенный в Пекине иноверцем Лангом, который публично и жестоко избил его, в узах был провезен мимо Вознесенской обители в Петербург. Там его ожидало лишение сана и заточение. Корыстолюбивому вице-губернатору Жолобову по приговору уголовного суда в Петербурге отрубили голову.
Через тридцать три года после кончины святителя во время ремонта Тихвинской церкви было обнаружено, что тело его, одеяние и даже бархат на гробе не тронуло тление, хотя само место погребения было сырым и затхлым.
Еще через два года настоятель Вознесенского монастыря архимандрит Синесий (Иванов) в день храмового праздника Вознесения Господня стал свидетелем чуда. За трапезой после Божественной литургии присутствовал губернатор немец Фрауендорф. О нетленных останках святителя он был наслышан и очень хотел посмотреть их. Сколько ни отклонял это желание иноверца присутствовавший на празднике епископ Софроний, изменить решение губернатора не удалось. Владыка Софроний, преподобный Синесий и Фрауендорф подошли к могильному склепу святителя, но не смогли увидеть гроба – он был покрыт большим слоем снега. После отъезда губернатора даже следов снега не могли обнаружить.
11 июня 1783 года при сильном ветре загорелась Вознесенская обитель. Весь Иркутск от мала до велика прибежал на пожар, но погасить его не представлялось возможным. Пламя охватило все каменные строения обители и, конечно, деревянную Тихвинскую церковь, под которой почивали мощи святителя. Надежды на спасение нетленных мощей не оставалось никаких. Тогда горожане обратились к прибывшему на пожар преемнику владыки Софрония, преосвященному Михаилу (Миткевичу), с просьбой попытаться достать мощи из огня. «Ежели покойный Иннокентий угодил Богу, – ответил тот, – то ради его нетленных мощей Всемогущий Господь спасет и церковь». В ту же минуту огонь погас.
Слава о новом заступнике множилась среди православных. Отовсюду епархиальному начальству слались письменные свидетельства о его заступничестве. В последних числах сентября 1800 года