Местоблюстителю поручены в заведывание только дела веры: «о расколе, о противностяхъ церкви, о ересяхъ», все же прочие дела, находившиеся в ведении патриарха, распределены по приказам. Ведавший по этим делам особый приказ – Патриарший разряд – уничтожен.
Двадцать четвертого января 1701 года был восстановлен Монастырский приказ, в ведение которого отошли Патриарший двор, архиерейские дома и монастырские земли и хозяйства. Во главе приказа был поставлен боярин Иван Алексеевич Мусин-Пушкин, да при нем дьяк Ефим Зотов.
Вскоре последовал ряд указов, решительно сокращавших самостоятельность духовенства в государстве и независимость духовного чина от светской власти. Особой чистке подверглись монастыри. Монахам было приказано оставаться постоянно в тех монастырях, где их застанут особые переписчики, посланные Монастырским приказом. Из монастырей выселили всех непостриженных. Женским монастырям позволили постригать в монахини только женщин после сорокалетнего возраста. Хозяйство монастырей отдано под надзор и контроль Монастырского приказа. В богадельнях приказано оставить только действительно больных и немощных. Наконец, указом 30 декабря 1701 года определялось давать монашествующим денежное и хлебное жалование из доходов монастыря, а вотчинами и угодьями монахам впредь не владеть.
Ряд дальнейших мер разрешал свободное исповедание своей веры иностранцам, как католикам, так и протестантам всех толков.
Были изданы указы, «чтобы в городах и уездах всякого чина мужского и женского пола люди у отцов своих духовных исповедовались ежегодно», причем за уклонение от исповеди взимался штраф. Мера эта, кроме целей нравственного характера, имела в виду, главным образом, установить принадлежность данных лиц к старообрядцам, которые облагались двойным налогом. Особыми указами, изданными в 1718 году, предписывалось православным обывателям непременно посещать церкви и в храмах стоять с благоговением и в безмолвии, слушая святую службу, иначе грозил штраф, взимаемый тут же в церкви особым приставленным для того «добрым человеком». Сам Петр I любил ознаменовывать все торжественные дни своей жизни торжественными церковными служениями. Чтение по городам известия о полтавской победе, например, сопровождалось молебном и пятидневным церковным звоном.
Для поднятия нравственного уровня самого духовенства был издан наказ архиереям, рекомендовавший им кротость в обращении с подчиненными, осторожность в принятии «неведомыхъ гробовъ» за святые мощи и в явлении чудотворных икон. Запрещалось «вымышлять чудеса». Предписывалось не допускать юродивых; архиереям указывалось, чтобы они в мирские дела не входили, разве «явная неправда будет», – тогда позволялось писать царю. По росписи 1710 года архиереям назначено жалование от одной до двух с половиной тысяч рублей в год. Еще в 1705 году была произведена генеральная чистка духовенства, из состава которого выключены и отмечены солдаты, дьячки, монастырские слуги,