8 мая русская эскадра была обнаружена английскими разведывательными кораблями. Противник посчитал эскадру заблокированной и стал ждать подкрепления для ее уничтожения. 16 мая прибыла объединенная англо-французская эскадра из Хакодате. Однако в ночь на 16 мая, погрузив все ранее выгруженное обратно на корабли и воспользовавшись густым туманом, русская эскадра через Татарский пролив ушла в устье Амура, куда прибыла 24 мая. В оценке ледовой обстановки и проводке отряда принял непосредственное участие присоединившийся к отряду адмирал Г. И. Невельской66. Противник в то время считал, что Татарский пролив является заливом, и исчезновение русской эскадры для него стало полной неожиданностью.
Исходя из обстоятельств военного времени, главный порт Восточного океана был вновь перенесен – в Николаевск на Амуре, а училище по-прежнему находилось при главном порте. Таким образом, Охотское морское училище за три года было дважды перебазировано, что, естественно, совершенно не способствовало стабильности учебного процесса. Деятельное же участие генерал-губернатора Камчатки В. С. Завойко в обустройстве этого учебного заведения в Петропавловске и придании ему нового, более высокого статуса, к сожалению, так и не дало практического результата.
В Николаевске-на-Амуре училище поначалу разместили в специально выделенном помещении (занимавшем одну комнату), и сразу было начато строительство для него собственного здания. Исполнение обязанностей «директора Петропавловского Морского училища» временно было возложено на командира 47-го флотского экипажа и капитана Николаевского порта капитан-лейтенанта Н. Н. Назимова.
К 1 сентября 1855 г. в училище насчитывалось 19 человек, в том числе 6 кондукторов, 12 учеников и 1 кандидат (поступил в училище на место ученика, взятого неприятелем в плен на шхуне «Анадырь»). Занятия проводились согласно программе, изданной для воспитанников 1-го штурманского полуэкипажа.
Несмотря на неудобства размещения на новом месте, кондукторы занимались в зимние месяцы повторением пройденных наук, а также проверкой и определением хода хронометров. Из 12 учеников двое учили навигацию, шестеро — тригонометрию, а остальные проходили только арифметику. Все ученики занимались в одном классе. В программу входили: закон божий, арифметика, геометрия, тригонометрия, навигация, астрономия, геодезия, лоция, курс морской практики, история, география, русская грамматика, английский язык, черчение карт67. Перед навигацией от учеников добивались практических навыков в измерении секстаном высоты Солнца, при обсервациях – умения наблюдать время по хронометру, определять погрешность секстана, сравнивать ход хронометров между собой. Распределение времени занятий в течение суток было следующим:
Сон 8,5 час.
Одевание, умывание, молитва,