Сразу после окончания войны в 1856 г. была создана Приморская область Восточной Сибири с центром в Николаевском посту, переименованном в «город Николаевск на Амуре», бывшая Охотская флотилия стала называться «Сибирской флотилией на Восточном Океане», а Штурманское училище – «Морским училищем»63 (в отчете Морского министерства за 1856 г. отмечалось, что «Охотская школа дала уже несколько не только хороших, но и отличных офицеров в корпусе штурманов»).
Перемещение главного порта Тихого океана в Петропавловск-Камчатский не только не решило проблем Охотска, а наоборот, создало дополнительные трудности базирования флотилии в гораздо менее обустроенном порту. Еще до переезда туда Штурманского училища генерал-губернатор Камчатки генерал-майор В. С. Завойко принял деятельное участие в его судьбе. При его личном участии были составлены проект и положение о Морском училище в Петропавловске-Камчатском. Согласно проекту, штат училища должен был состоять из 30 воспитанников школы и неограниченного числа кантонистов. Расчет содержания – по 15 коп. в день на одного ученика, общая сумма расходов на школу и кантонистов – 7 500 руб. в год.
Проект «Положения о Петропавловском-на-Камчатке Морском училище и состоящей при нем школе кантонистов» предполагал «образовать юношей так, чтобы они могли с пользой для службы занять должность морского офицера, корабельного штурмана, морского артиллериста, корабельного инженера, инженер-механика, инженера морской строительной части и даже гражданского архитектора». Училище причислялось ко II разряду военно-учебных заведений, с соответствующей печатью: с имперским гербом и надписью «ПЕТРОПАВЛОВСКОЕ МОРСКОЕ УЧИЛИЩЕ». При этом ученики содержались за счет казны, а своекоштные оплачивали по 30 руб. в год (по половине этой суммы за полгода вперед). Училище должно было подчиняться непосредственно Камчатскому военному губернатору и начальнику Главного морского штаба (ГМШ). Директора училища назначал ГМШ, преподавателей – Камчатский военный губернатор.
Нравственное воспитание учеников предполагалось вести согласно «Правилам Военно-учебных заведений», изложенным в т. 3, ч. 1, книги III «Свода Военных постановлений и приложений». Общий срок обучения рассчитывался в 8 лет, с делением на 3 класса: подготовительный (2 года), общий и специальный (по 3 года каждый). Подготовленность учеников определялась числом баллов за каждую дисциплину. Для производства в офицеры требовалось не менее 10 (из 12) баллов по каждому специальному предмету и не ниже 8 баллов в прочих, при этом первый по выпуску производился прапорщиком в корпус флотских штурманов, с правом перевода после двух лет службы на флот мичманом. Прочие – в прапорщики КФШ, а не получившие указанные выше баллы – в кондукторы64 КФШ. Все производства должны были идти через ГМШ. Проект