В 1808 г. Главный правитель Русской Америки А. А. Баранов, «согласно мнению Резанова, утвержденному главным правлением компании», перенес главное колониальное управление с о. Кадьяк на о. Ситха, в г. Ново-Архангельск; вместе с администрацией переехала туда и школа (но часть ее осталась на Кадьяке). «Компания терпела в это время большой недостаток в хороших мореходах. Морское начальство, по случаю военного времени, должно было прекратить увольнение на службу компании флотских офицеров и штурманов, и не смотря на все старания главного правления найти хороших командиров для компанейских судов в присоединенной в то время к России Финляндии, никто из тамошних шкиперов не решался отправляться так далеко. К тому-же, охотское начальство поступало иногда с компанией весьма неправильно, отбирая, как жаловался Баранов, из компанейской службы, без ведома главного правления или колониального правителя, подштурманов и учеников, и даже таких, на которых состоял долг компании, по заборе ими содержания вперед. Компания потеряла от таких самовольных распоряжений немалые суммы». Несмотря на то, что на Дальнем Востоке уже продолжительное время действовал целый ряд навигацких школ, грамотных специалистов морского дела постоянно не хватало, и РАК «даже осмеливалась казенных матросов иногда удерживать под предлогом долгов».
Только в течение первого периода своего существования57 РАК приобрела 5 иностранных судов для кругосветных экспедиций и 8 – для плаваний в колониальных водах, еще 15 судов было построено ею на колониальных верфях и в Охотске. Из них 16 судов потерпели крушения, 5 были «разобраны по ветхости» и 3 – проданы.
К. Т. Хлебников, правитель местной конторы в 1817—1832 гг., а затем директор Главного правления РАК и член-корреспондент Петербургской Академии наук, так описывал обеспечение Морского училища в Ново-Архангельске: «Г. главный правитель, Матвей Иванович Муравьев, с начала прибытия своего, от 15 декабря 1820 г. за №105, сделал учреждение относительно училища, следующим предложением:
«Стараясь содействовать благодетельным намерениям Р. А. К., я велел составить штат содержанию и одежде учеников в Ново-архангельске. Сей штат, составленный по возможности экономическим образом, однакож безбедный, предлагаю конторе для ведения и исполнения. Контора заметит, что съестные припасы здесь означены может быть в недовольном избыточестве. Сие сделано по крайне трудному и стеснительному