Первой заботой после перехода русских иноков в Свято-Пантелеимонов монастырь было устройство вместительного храма, где бы они могли молиться на славянском языке. Прежний небольшой храм свт. Митрофания Воронежского в северном корпусе не вмещал увеличившуюся братию, поэтому в январе 1841 года приступили к постройке отдельного Митрофаниевского собора, заложенного еще о. Аникитой. По счастливому совпадению, в том же году было объявлено высочайшее разрешение на сбор милостыни в России, что позволило лишь немного поправить материальное положение и начать выплачивать стотысячный долг, тяжелым бременем лежавший на обители. На протяжении сороковых годов происходило постепенное ее благоустроение. В 1845 году завершена отделка главного Пантелеимоновского собора, остававшегося неоштукатуренным с момента постройки. Расписали собор еще спустя десять лет русские живописцы из келлии Преподобных Печерских во главе с о. Василием. В 1846 году украшена живописью и братская трапезная. В ноябре 1846 года митрополитом Адрианопольским Григорием освящен русский собор свт. Митрофания Воронежского, день памяти святителя с тех пор торжественно празднуется и русской и греческой братией монастыря. В это же время были получены и первые значительные дары из России. На икону великомученика Пантелеимона была прислана из Петербурга серебряная с позолотой риза – от вологодского купца Егора Шучева. Воронежские купцы братья Самохваловы пожертвовали колокола, которые были повешены на башне на восточной стороне трапезной, самый большой из них весом в пятьдесят пудов. Все денежные пожертвования из России о. Иероним передавал игумену Герасиму, не имея права распорядиться ими самостоятельно на благо русской братии. Прочие дары: священные облачения, сосуды и церковная утварь – делились между греческими и русскими церквями поровну. Причем часто о. Иероним даже отдавал лучшие вещи грекам, дабы поддержать их расположение к русским. Сознавая необходимость общения, прекрасно владевший греческим языком о. Иероним составил русско-греческий словарик, включавший не только слова, но и наиболее употребительные выражения. Со своей стороны старец-игумен Герасим также стремился всячески поддерживать согласие и единодушие между разноплеменной братией и устранять разного рода недоумения, как с той, так и с другой стороны, что было залогом дальнейшего процветания монастыря.
И все же малочисленная в сравнении с греками русская братия находилась в неравноправном положении. Начальственных послушаний