К 40–50 годам XIX века, судя по заметкам афонского схимонаха Сергия и русского путешественника А. Н. Муравьева, оставленный монастырь являл собою «покоящиеся во прахе» живописные развалины, увитые плющом. Из построек сохранилась южная часть стены, включающая высокую башню, с маленькой церковью св. Иоанна Предтечи, той самой, где принял постриг свт. Савва, спасался от каталонцев хиландарский игумен Даниил. И недалеко от нее – малая церковь Успения Божией Матери, «грозящая падением». Соборный храм великомученика Пантелеимона был разобран до основания.
Возобновление древней русской обители нагорного Русика произошло по благословению посетившего Афон епископа полтавского Александра. 25 июля 1868 года владыка Александр с архимандритом Свято-Пантелеимонова монастыря о. Макарием совершил соборное водоосвящение и закладку нового корпуса с храмом свт. Саввы. При расчистке развалин были обретены две писанные на каменных плитах иконы. На одной из них изображен евангелист Лука, подносящий Божией Матери написанную им честную Ее икону. На другой – икона великомученика Пантелеимона. Но вместо ковчежца в левой руке святой держал свиток со словами: «Друзья мои! Потщитеся, и не вотще будет труд ваш», – словно сам св. великомученик побуждал к восстановлению своей опустевшей обители. Вскоре, направляемые Промыслом Божиим, появились и благотворители. На средства С. Н. Кошкина, купца из Ростова-на-Дону, и монахини Борисовской пустыни Мариониллы, в миру рязанской помещицы Анны Ролгиной, в 1871 году был отстроен большой братский корпус келий с храмом свт. Саввы Сербского. Алтарь нового храма охватывал то место, где находилась прежде древняя церковь св. Иоанна Предтечи. 3 июня 1871 года вместе с освящением храма свт. Саввы был заново заложен обширный соборный храм св. великомученика Пантелеимона. Знаменательно, что еще до начала постройки насельники близлежащих келий слышали звон и пение, а иногда видели огонь, возвышающийся к небесам. Возводился храм из тесаного афонского мрамора дарами липецкого купца Игнатия Ивановича Окорокова, скончавшегося в Русике схимником Илией в 1878 году. Строительство остановилось на долгое время и завершилось к 1920 году, когда храм освятил митрополит Антоний Храповицкий, находившийся в это время на Афоне. Шатровая колоколенка храма видна издалека и придает пейзажу русское очарование.
За чертой древнего монастыря в 1880–1883 годах был возведен храм в честь иконы Божией Матери Почаевской. Средства на строительство пожертвовал схимонах Киприан Бирюков, получивший исцеление по молитве к этому чудотворному образу, еще до своего пострига в монашество.
В конце XIX века в Старом Русике проживало по особому постному уставу около двадцати