Zwischen 300 bis 1150 u.Z. dominierte bei den Hohokam die Brandbestattung, in der klassischen Zeit (1150 bis 1450 u.Z.) ging der Anteil dieser Bestattungsform stark zurück und die Körperbestattung dominierte. (Im Pueblo Grande wurden ca. 1000 Bestattungen freigelegt, von denen 300 Brandbestattungen waren. Dies ist aber keinesfalls ein Beleg für das quantitative Verhältnis der beiden Bestattungsformen zueinander.) Da die Verbrennung ein zerstörender Prozess ist, ist es schwierig, zuverlässige Kenntnisse über die physischen Charakteristika der Hohokam während des größten Teils ihrer frühen Kulturgeschichte zu erlangen. Was auf diesem Gebiet bekannt ist, stammt von den nur wenigen, nicht zu verallgemeinernden Körperbestattungen aus der Sedentary Period (ca. 900 bis 1150 u.Z.).
Eine Leichenverbrennung erfolgte in einer großen Verbrennungsgrube. Nach der Verbrennung wurden die verbliebenen Brandreste der Leiche eingesammelt, in einen Tonkrug oder -schale gelegt und dann in einer kleinen Grube oder einem Graben beigesetzt. Gelegentlich wurde eine umgedrehte Schale oder eine große Topfscherbe als eine Art Deckelabschluss auf das Gefäß gelegt. Im Allgemeinen wurde stets nur ein Gefäß mit den Knochenresten in eine Grube setzt, mehrere in einer Grube waren selten. Die Gruben mit den Bestattungsresten wurden meist in einem bestimmten, formalen Bereich („Friedhof“) bei der Wohnstätte platziert. Dies lässt darauf schließen, dass der Bestattungsbereich auch nur für die Menschen dieses Wohnbereiches/dieser Sippe (?) vorgesehen war. Nur gelegentlich lagen Begräbnisplätze unter dem Hausfußboden.
Die präklassischen Kremationsbegräbnisse enthielten rituelle Gegenstände, einschließlich Paletten, Räuchergefäße, Schalenschmuck, Pyritspiegel und gute Keramik. Die Grabbeigaben werden als ein Beleg für den Status der Bestatteten in der Gruppe angesehen. In der späten Sedentary Periode wurden jedoch keine rituellen Gegenstände den Kremationsbestattungen mehr mitgegeben. Dies lässt auf entsprechende Veränderungen in der Spiritualität und den praktizierten Toten-Riten, aber nicht im Status schließen.
Die bei der Beisetzung auf dem „Friedhof“ den Urnen beigelegten Schieferplatten oder –paletten hatten eine rechteckige Form, waren dünn und sehr flach und am Außenrand verziert. Die Innenfläche der Palette enthielt generell eine rechteckige Einsenkung. Eine Analyse der Paletten ließ den Schluss zu, dass, eventuell während der Verbrennungszeremonie, eine Substanz in der vertieften Zone der Palette verbrannte. Auf einer Palette wurde eine Bleiauflage gefunden, die wahrscheinlich ein Brandrest/Rückstand des Minerals Galenit (Bleiglanz) war. Die Beifügung von Galenit gab einem brennenden Feuer eine spezielle blau-rote Färbung. Dies führte die Archäologen zur Annahme, dass das Feuer auf einer solchen Palette ein Symbol für einen Eingang in die Anderswelt darstellen könnte. Die Paletten dienten anscheinend auch anderen Funktionen. Einige hatten eine Furchung und enthielten Reste von Pigmenten. Diese Paletten müssen der Zubereitung/Mischung von Farben gedient haben.
Während der klassischen Zeit erfolgte ein Wechsel von der Kremation zur Körperbestattung in einem Grab. Kremationen wurden weniger intensiv als früher fortgesetzt und betrafen hauptsächlich Säuglinge und Kinder. Auch diese Veränderung deutet auf einen Wechsel in der Spiritualität und/oder einen äußeren Einfluss durch möglicherweise andere ethnische oder kulturelle Gruppen oder gar auf deren direkte Anwesenheit (Menschen aus dem Salado-, Anasazi-, Mogollon-Bereich und von Hohokam-Gruppen aus den Randgebieten des Kulturgebietes). Es werden als Grund für diesen Wechsel auch Brennstoffmangel oder die Weigerung genannt, Brennstoffe für solche Zwecke zu verwenden.
In der klassischen Zeit gab es zwei unterschiedliche Bestattungsmuster. In Kremationsbestattungsstätten außerhalb der Siedlungen wurden verkohlte menschliche Überreste manchmal auch in Verbindung mit Hohokam Red-on-Buff Gefäßen, die nach der Paddel- und Ambossmethode hergestellt worden waren, gefunden; im Gegensatz dazu wurden Beisetzungen ausgestreckter Leichen unter den Böden von Räumen oder Compound-Hofräumen freigelegt, die polychrome Salado-Schüsseln enthielten, die in der Spiralwulst-und-Schab-Technik hergestellt worden waren. Einige Wissenschaftler sehen darin einen Beleg für das Eindringen kulturell der Hohokam-Kultur fremder Menschen oder zumindest deren Ideen/spirituellen Vorstellungen in das Hohokam-Gebiet. Die unterschiedlichen Totenrituale und die oben genannten architektonischen Veränderungen waren aber älter als das Aufkommen der Salado-Keramik. Für alle Veränderungen ist aber ein autochthoner Charakter, aber sicherlich mit kontaktbedingten Einflüssen, belegbar.
Die Hohokam bestatteten ihre Toten in flachen Gruben, die in den harten trockenen Boden oder in die weicheren Abfallmounds gegraben worden waren. Bei der Körperbestattung wurden auch wieder Grabbeigaben mit ins Grab gelegt. Die konkrete Art und Weise, in der ein Körper beerdigt wurde, hatte eine religiöse oder zeremonielle Signifikanz für die Hohokam. Für die Bestattung wurden die Körper in ein oder zwei speziellen Lagen platziert, die verbreitetste war die Rückenlage und die andere war die Seitenlage in zusammengekrümmter oder fötaler Position mit den Knien an der Brust. Die Gesichter waren im Allgemeinen nach Osten zur aufgehenden Sonne ausgerichtet. Vereinzelt waren die Toten aber auch gekrümmt, sitzend oder auf dem Bauch liegend bestattet.
In Pueblo Grande waren die meisten freigelegten Körperbestattungen an der Ost-West-Achse orientiert, wobei der Kopf mit dem Gesicht nach dem nordöstlichen oder südöstlichen Horizont gerichtet war, wahrscheinlich ein Hinweis auf die Jahreszeit der Bestattung, aber andere Richtungen waren auch gut repräsentiert. Die meisten Körperbestattungsgrabräume waren annähernd rechteckig, es gab aber auch eine kleine Anzahl von ovalen und runden Grabgruben. Die fast rechteckigen Gruben gab es in drei Arten: (1) mit geraden Seiten, (2) mit ein oder zwei Bänken und (3) Nischengräber, bei denen der Körper in einer Nische niedergelegt wurde. Die Bank-Begräbnis-Typen waren oft mit Holz (d.h. Saguaro Rippen) oder Zweigwerk abgedeckt.
Die Hohokam gaben viele Arten von Begräbnisobjekten ihren Toten mit, für beide Geschlechter und für jedes Alter. Im Pueblo Grande wurden Beweise für Kleidung oder Begräbnisdecken am oder um den Körper gefunden. Oft standen Keramiktöpfe rund um den Körper und viele enthielten wahrscheinlich Opfergaben von Nahrung und Wasser oder anderen leicht verderblichen Materialien. Muschelringe, Armringe und Muschel- und Türkishalsbänder schmückten den Körper. Andere Begräbnissachen umfassten Knochenhaarnadeln und Ahlen, Projektilspitzen, Quarzkristalle, Spinnwirtel und verschiedene Minerale. In einigen Grabstätten war der Kopf der Leiche mit roter, blau-grüner oder gelber Farbe bemalt.
Eine Grabstätte nordöstlich des Pueblo Grande Plattformmound enthielt ungewöhnliche Begräbnisobjekte, die den Anschein erweckten, dass die männliche Person ein Priester oder Schamane war. Unter den verschiedenen Objekten, die auf der Grabbank abgelegt worden waren, befanden sich drei Quarzkristalle, verschiedene Schalenschmuckstücke, fünf Keramikschüsseln, Knochenhaarnadeln und Ahlen, eine Obsidianprojektilspitze, vier Goldadlerschwingen sowie drei Rabenflügel und eine Klaue vom selben Vogel. Adler und Raben zählen (noch?) bei vielen heutigen südwestamerikanischen Indianern zu den verehrten Vögeln. Eines der Schalenschmuckstücke in dieser Grabstätte war als Eidechse geformt und repräsentierte vielleicht die Mitgliedschaft in einer speziellen sozialen oder religiösen Gruppe.
Zehn Körperbestattungen wurden auch auf dem Pueblo Grande Plattformmound freigelegt (auf der ausgegrabenen Hälfte!). Diese Bestattungen enthielten nicht mehr Grabbeigaben als die anderen Bestattungen, die im Dorf in über einem Dutzend „Friedhöfen“ vollzogen worden waren.
Das einzigartigste Begräbnis, das einen hohen Status und vielleicht eine hohe Autorität widerspiegelte, wurde in einem "bemalten Sarkophag" im Clanhaus, einer Gruppe von Bauten östlich vom Compound A von Casa Grande, gefunden.
Die Studien der Skelettreste der Körperbestattungen erbrachten viele Informationen über die Hohokam in der klassischen Periode, welche aber nicht übertragbar für frühere Epochen sind. Zum Beispiel betrug die Körpergröße