В 1529 г., когда испанцы еще продолжали борьбу с португальцами на Молукках, Карл V уступил за 350 тыс. дукатов свои более чем сомнительные права на эти острова португальскому королю Жуану III. Императору нужна была звонкая монета для ведения войн с Францией и для подавления грозных крестьянских движений в Германии.
После плавания Лоайсы дорога через Магелланов пролив признана была в Испании опасной и далекой. Не было смысла водить корабли в Тихий океан кружным путем, когда имелась реальная возможность совершать плавания к западным берегам Южной Америки и к островам Южного моря из гаваней на тихоокеанских берегах Панамского перешейка и Мексики.
Испанцы и в XVII и в XVIII столетиях предпочитали вести торговлю с Китаем и малайскими странами, доставляя товары из метрополии в Вера-Круш или Пуэрто-Бельо, а оттуда перебрасывая их по суше в Акапулько и Панаму для погрузки на корабли своего тихоокеанского флота. Таким же путем осуществлялась связь Испании с ее владениями в Южной Америке – Перу, Чили и даже Ла-Платой.
Зато англичане и голландцы по достоинству оценили выгоды Магелланова пролива. Они, следуя по пути, проложенному Магелланом, проникали в Тихий океан и к западным берегам Америки и наносили чувствительные удары испанской колониальной империи, подрывая ее монополию торговых сношений с южноамериканскими владениями, разоряя города и поселения испанцев на берегах Чили, Перу и Центральной Америки.
К концу XVI столетия в Испании настолько основательно забыты были открытия Магеллана, что распространились даже слухи о том, что пролив, названный его именем, вообще недоступен для мореплавателей. Поэт Эрсилья, долгие годы проживший в Чили, утверждал, что Магелланов пролив засыпан огромным обвалом. Лопе де Вега считал этот пролив непроходимым и отзывался о его берегах как о самом жутком уголке земного шара.
Таким образом, непосредственные результаты первого кругосветного путешествия были ничтожны, и предприятие Магеллана не получило достойной оценки в той стране, где оно было организовано.
Значение его было, однако, огромно. В результате кругосветного плавания Магеллана – Элькано окончательно было доказано, что можно морем обойти вокруг земной шар, развеяны были мифы античной и средневековой географии, стало ясно, что океаны и моря занимают большую часть поверхности нашей планеты (а ведь еще за двадцать лет до плавания Магеллана Колумб пытался уверить своих современников, что библейские легенды, в которых вещается, что 6/7 поверхности земли заняты сушей, неопровержимы и подтверждаются результатами его собственных открытий), открыт был проход из Атлантики