27 апреля Магеллан погиб в стычке с туземцами островка Мактан. Поход на этот остров, где за несколько дней до того испанцы сожгли селение Булайя, был предпринят Магелланом с тем, чтобы покорить его обитателей, крестить их и обложить данью и чтобы продемонстрировать обитателям Себу и их властителю Хумабоне силу испанского оружия.
Обстоятельства, при которых был совершен этот поход, судя по другим источникам, не вполне точно описываются Пигафеттой.
В примечании 69 приводится выдержка из дневника одного из участников экспедиции, которая не оставляет сомнений в том, что Магеллан после первой карательной экспедиции на остров Мактан предъявил его жителям требование об уплате дани натурой (рисом, козами и свиньями). Туземцы просили Магеллана умерить требования, и, когда им было в этом отказано, они заявили, что ничего не дадут испанцам. Тогда Магеллан и предпринял поход на остров, где суждено было ему сложить голову. Несомненно, Хумабона был в курсе этих переговоров и сделал все возможное, чтобы облегчить царьку одной из областей островка Мактан – Силапулапи – победу над испанцами.
Великий мореплаватель, совершивший переход через два океана, пал в заурядной разбойничьей экспедиции. Таков был трагический конец деятельности Магеллана – человека, чей талант, мужество, энергия призваны были проложить дорогу к новым источникам наживы.
1 мая Хумабона захватил в плен и умертвил 20 моряков флотилии. Погибли Дуарте Барбоза, заменивший Магеллана на посту руководителя экспедиции, капитан «Консепсьона» Жуан Серран, главный кормчий, картограф и астролог Сан-Мартин. В гибели этих людей в большей степени, чем Хумабона, был повинен оставленный во флотилии в качестве временного ее начальника Жуан Карвалью, который, несмотря на призывы Серрана, не пришел на помощь своим товарищам и отдал приказ немедленно сниматься с якоря.
Вскоре после отплытия из Себу на стоянке у острова Бохоль решено было продолжать путешествие только на двух кораблях – «Тринидаде» и «Виктории». «Консепсьон» оставлен был на этой стоянке – судно дало течь и было признано непригодным для плавания.
От острова Бохоль «Тринидад» (под командой Карвалью) и «Виктория» (под командой Гонсало Эспиносы) отправились на поиски Молуккского архипелага. К этому времени из 265 человек, которые вышли в путь 20 месяцев назад из Сан-лукар-де-Баррамеда, уцелело только 113. Лишенная единого руководства, флотилия блуждала в неведомых водах, экипажи кораблей испытывали голод и жажду, страдали от тропических болезней, пускались во все тяжкие, чтобы добыть пропитание. Флотилия нападала на беззащитные китайские и малайские джонки и, пробавляясь пиратским промыслом, медленно шла на юго-запад мимо мелких островков, рассеянных между Филиппинами и Борнео (Калимантаном).
В конце июня корабли дошли до северо-восточной