Ди Лороза сообщил, что португальцы намерены захватить корабли экспедиции Магеллана, и порекомендовал испанцам как можно скорее отправляться восвояси, так как можно было ожидать, что сильная португальская флотилия вскоре появится в водах Молуккских островов.
Корабли закончили погрузку пряностей и собирались выйти в море, но тут выяснилось, что корпус «Тринидада» дает сильную течь. Решено было, что «Виктория» отправится в Испанию одна через Индийский и Атлантический океаны, а «Тринидад» после ремонта выйдет в обратный путь, следуя не в Испанию, а к берегам Панамы через Тихий океан.
«Тринидад» 6 апреля 1522 г. покинул Тидоре, но после шестимесячных скитаний в водах Тихого океана вынужден был возвратиться к Молуккским островам. В этом плавании погибла большая часть экипажа, а два десятка измученных испанских моряков на Молуккских островах были захвачены в плен португальской эскадрой. Страшная участь выпала на долю этих пленников – один за другим умирали они в португальских тюрьмах или на плантациях. Тех, кто вынес тяготы первого года пленения, отправили в Индию, где Эспиноса и его спутники влачили жалкое существование, зарабатывая себе на жизнь подаянием и все время пребывая под неусыпным надзором португальских властей. Только в 1527 г. Эспиноса попадает в Испанию с двумя моряками и священником – «последними могиканами» из экипажа «Тринидада», которым удалось выдержать муки долголетнего плена.
Иная судьба ждала «Викторию», которая 21 декабря 1521 г. отправилась в путь и 26 января 1522 г. прибыла на Тимор, где было закуплено небольшое количество сандалового дерева. Пополнив запасы воды и провианта, «Виктория» покинула Тимор, пересекла Индийский океан, выдержала жестокую бурю у мыса Доброй Надежды и 13 июля, совершив тяжелый переход через два океана, подошла к острову Сантьягу в архипелаге островов Зеленого Мыса. От цинги и голода погибла значительная часть моряков.
Трудности усугублялись еще и тем, что испанцы вынуждены были держаться как можно дальше от берегов Африки, опасаясь встречи с португальскими кораблями. Капитану «Виктории» надо было обладать огромной выдержкой и несокрушимой волей, чтобы заставить экипаж ценой невероятных мук довести до конца предприятие, начатое Магелланом. Элькано решительным образом воспротивился высадке на берегах Мозамбика, где можно было опасаться встречи с португальцами, и провел корабль по маршруту, который гарантировал экспедицию от нежелательных встреч с португальскими судами.
Настоятельная необходимость заставила Элькано остановиться на Сантьягу в португальских владениях. Едва избежав пленения, оставив в руках у португальцев 12 человек из судовой команды, Элькано 15 июля отправился дальше. 6 сентября 1522 г. «Виктория» вошла в гавань Санлукар-де-Баррамеда.