Кроме того, в магазинах таганрогских хранилось много парусины и полотен; но все адмиралтейские строения, офицерские и служительские казармы и пр. приходили также в упадок, ветшая без починки; всех разного звания флотских чинов при этом порте состояло до 1350. На Екатеринославском литейном заводе, строившемся тогда под распоряжением статского советника Гаскойна на р. Луганке, предполагалось отливать новые орудия для флота и доставлять их через Таганрог.
В продолжение пребывания своего начальником Севастопольского порта Ушаков почти ежегодно выходил в море с эскадрой для практического ее обучения. В 1796 году он делал испытания над двумя новыми 74-пушечными кораблями «Захарий и Елисавета» и «Св. Петр», построенными обер-саарваером Катасановым в Херсоне и имевшими сплошной верхний дек, т. е. «у которых шканцы с баком соединены палубой».
Такое устройство было тогда нововведением в русском кораблестроении, но Ушаков находил его неудобным, потому что во время боя дым из палубы имел не столь просторный выход, гребные суда размещались невыгодно и запасный рангоут, от помещения наверху, стеснял шкафуты, не позволяя людям свободно работать; кроме того, оба корабля эти оказались «надмеру валки». Замечания свои, подкрепленные мнениями многих корабельных капитанов, он представил на усмотрение Адмиралтейств-коллегии, и, вследствие этого, 17 мая 1797 года последовало высочайшее повеление: изготовить в Черном море эскадру из пяти кораблей и двух фрегатов под начальством вице-адмирала Ушакова, которому предписать в течение кампании того года «учинить на самой практике о тех двух кораблях замечания, и в чем найдет их преимущественными или недостаточными, неукоснительно рапортовать».
Ушаков плавал между Севастополем и Одессой с 1 июня по 3 августа, делая разные испытания кораблям под парусами, заставившие его остаться при прежнем своем мнении относительно чрезвычайной валкости «Св. Петра» и «Захария и Елисаветы». Озабоченная этим Адмиралтейств-коллегия предписала Главному командиру адмиралу Мордвинову сделать вторичные опыты в своем присутствии и вместе с тем потребовала от Черноморского правления объяснения, «почему при рассмотрении чертежа, по коему те корабли построены, не предусмотрено было столь важных недостатков, и не только тогда сделано упущение, но и после по тому же чертежу продолжаема была постройка такого же ранга кораблей, а особенно, когда уже по возвращении первых из кампании и дефекты о валкости их представлены были?»
Дело это сильно затрагивало Мордвинова и Черноморское правление, и потому не было недостатка в объяснениях и опровержениях. Два 74-пушечных корабля, строившиеся тогда в Херсоне по тому же чертежу, были «Симеон и Анна» и «Св. Михаил»; и хотя польза постройки со сплошной верхней палубой не могла быть оспариваема, но, быть может, применение этого устройства именно на тех кораблях заслуживало некоторого порицания, и потому замечания, сделанные Ушаковым в этом случае, нельзя