6 ноября 1796 года Екатерина отошла в вечность, и с воцарением императора Павла I многие преобразования и перемены последовали как в армии, так и во флотах. От 12 ноября того же года князь Зубов получил высочайший указ «О бытии в ведении Государственной Адмиралтейской коллегии Черноморскому правлению, со всеми флотами, портами и верфями в ведомстве сего правления состоящими»; также ей подчинялся тогда Черноморский гренадерский корпус, состоявший из четырех батальонов.
Главным командиром назначен был вице-адмирал Мордвинов; в Севастополе оставлен вице-адмирал Ушаков, которому вскоре повелено было, кроме своего начальства, постоянно доносить Таврическому и Новороссийскому генерал-губернатору графу Каховскому о состоянии Севастопольского порта, флота и команд, обо всех переменах и случаях. Контр-адмирал Пустошкин сменил вице-адмирала де Рибаса, основателя и строителя Одесского порта, приняв от него как самый порт, так и начальство над гребным флотом, для которого главным местопребыванием должен был служить Николаев.
Тогда же с Балтийского флота контр-адмирал Карцов высочайше назначен «быть инспектором Черноморских флотов», осмотреть все на месте и сделать подробное донесение. По избранному государем административному порядку, все отдельные начальники портов начали получать в рескриптах за собственноручным его величества подписанием все относившиеся к ним повеления, и обязаны были представлять прямо ему срочные ведомости и делать донесения. Такие же меры строгой отчетности и ответственности последовали тогда и в армиях.
Облеченный с юных лет в звание генерал-адмирала, император Павел постепенно следил за всеми нуждами и потребностями флота, и хотя не принимал прямого участия в управлении им, но вблизи мог видеть все вкравшиеся от времени недостатки. Образование офицеров составляло предмет особенной заботливости его, и в январе 1797 года повелено было во всех портах «учредить класс для флагманов, капитанов и офицеров, в котором собираться ежедневно всем тем, кто того дня службой занят не будет, и проходить все нужные для морского офицера науки, как то: тактику и эволюцию, навигацию, практику и о корабельной архитектуре, равномерно чтение Устава».
В портах начали получать уведомления обо всех нововведениях и замечательных морских происшествиях, и первое из таких, сообщенное генерал-лейтенантом графом Кушелевым «в Севастопольскую конференцию морской тактики, дабы господа флотские офицеры могли сделать нужные из того замечания», было подробное описание сражения сэра Джона Джервиса с испанским флотом у мыса Сент-Винсент (14 февраля 1797 г.); и потом сражение у Кампердауна (12 октября того же года), где английская эскадра под начальством адмирала Дункана одержала победу над голландским адмиралом де Винтером.
17 ноября 1796 года учреждены нового образца мундиры для всех флотских чинов; 25 февраля 1797 года издан Морской устав