Как подчеркивает здесь же Цонкапа, Нагарджуна обосновал свою интерпретацию в качестве конечного смысла глубинного Учения Будды посредством множества аргументов в шести трактатах. Это «Фундаментальная мудрость» (Муламадхьямакакарика, rtsa-ba shes-rab), «Семьдесят строф о пустоте» (Шуньятасаптати, stong nyid bdun cu), «Логика опровержения в дебатах» (Виграхавьявартани; rtsod zlog rigs pa), «Шестьдесят строф логического обоснования» (Юктишастика; rtsod-zlog-rigs-pa-drug-cu-pa), «Обращение в пыль ложных учений» (Вайдалья-пракарана[5], zhib mo rnam 'thag), «Драгоценная гирлянда» (Ратнавали, rin-chen-phreng-ba)». Среди них, согласно Цонкапе, основополагающее значение имеет именно текст «Муламадхьямакакарика». Его название переводится как «Коренные строфы о срединности», иногда – как «Фундаментальная мудрость».
Далее Цонкапа дает общую презентацию данной шастры в системе шести его трактатов мадхьямаки [Ibid., p. 6–10]. Согласно его классификации, эти шесть трактатов подразделяются на два вида. Во-первых, это трактаты, в которых в качестве главного предмета Нагарджуна объясняет зависимо возникающую таковость (de-kho-na-nyid) и отбрасывает крайние воззрения – реификационизм и нигилизм. Во-вторых, это трактаты, в которых главное содержание – это объяснение того, что путь, свободный от крайностей существования и несуществования, освобождает от сансары.
Текст «Муламадхьямакакарика», согласно объяснению Цонкапы, как раз объясняет пустоту как зависимо возникающую таковость путем опровержения представлений о реальной сущности вещей (dngos-po’i-ngo-bo-nyid) и тезиса (sgrub-bya) о реифицированной природе, связанного с преувеличенным приписыванием [существования] личностям и феноменам. В частности, это воззрение школы ньяя. А в трактате «Вайдалья-пракарана» Нагарджуна подробно опровергает шестнадцать категорий логики школы ньяя, посредством которых они отстаивали истинное существование вещей.
Трактат «Виграхавьявартани» отвечает на контраргументы ньяяиков, выдвинутые в ответ на опровержение их воззрений Нагарджуной в первой главе «Муламадхьямакакарика», и поэтому, как объясняет Цонкапа в предварительном разделе своего комментария, этот текст является дополнением к первой главе «Муламадхьямакакарика». Нагарджуна в этом тексте объясняет, по словам Цонкапы, что слова по природе пусты, их смысл имеет зависимое возникновение, и все же, хотя за ними нет самосущей природы, мы в состоянии доказать тезис, который надлежит доказать, и отвергнуть объект отрицания. Поэтому, согласно Нагарджуне, теория достоверного восприятия и логические операции по отношению к утвердительным и отрицательным объектам достоверного познания являются обоснованными с позиций бессущностности (rang-bzhin-med-pa’ phyogs-la), а с точки зрения философии, признающей самосущее бытие (rang-bzhin-yod-par smra-ba-la), логика и объекты достоверного познания не поддаются разумному обоснованию. Нагарджуна объяснил, что при отсутствии самосущей природы