Отрицая гений Годунова, Белинский ошибся и в оценке гениальности трагедии Пушкина. Главной его ошибкой было отрицание её сценических достоинств. Время рассудило в пользу Пушкина. После длительного запрета пьеса была поставлена в 1870 г. и затем неоднократно ставилась в театрах. Особое место занимает опера М. П. Мусоргского «Борис Годунов» (1869), с либретто, созданным композитором по мотивам трагедии Пушкина. Опера была поставлена в 1874 г. на сцене Мариинского театра и имела громкий успех, но позже была снята. В 1896 г. Н. А. Римский-Корсаков создал новую редакцию оперы, получившую наибольшее признание. Опера «Борис Годунов» с участием Ф. И. Шаляпина в роли Бориса Годунова (1908) стала триумфом русского оперного искусства и вошла в число шедевров мировой оперы.
Годунов в драмах Алексея Толстого. Образ Годунова в драматургии получил развитие в трилогии А. К. Толстого «Смерть Ивана Грозного» (1866), «Царь Фёдор Иоаннович» (1868) и «Царь Борис» (1870). В трактовке Годунова Толстой следует Карамзину и Пушкину. Борис у него талантливый человек, радеющий о России, но рвущийся к власти и готовый ради нее на любое преступление. В «Смерти Ивана Грозного» Толстой идет дальше Карамзина и делает из Годунова цареубийцу. Он показывает, как Борис ускоряет смерть больного царя, намеренно вызвав у него психологический шок.
В «Царе Фёдоре Иоанновиче» показано как Борис, пользуясь доверием царя Фёдора, творит злодеяния: отправляет в тюрьму на смерть Ивана Шуйского и подсылает убийцу-мамку к царевичу Дмитрию. Хитрый Борис стремится не оставлять следов. Он приставляет в тюрьму к Шуйскому его смертельного врага Туренина, но не говорит прямо «убей его». Отправляя в Углич мамку Волохову, Годунов, в беседе с Клешниным, исполнителем тайных дел Бориса, упомянув, как ему мешает Дмитрий, трижды со значением повторяет: «Скажи ей, чтобы она царевича блюла!». В третьей драме, «Царь Борис», показана расплата Годунова за преступления. Народ им недоволен. Заболевает и умирает жених дочери Ксении. Меж тем, в Северской земле появился с войском самозванец. Борис обращается к пыткам и казням, посылает против него войска. Но Самозванец, многажды разбитый, вновь собирает войско. Борису умирает от скорби, призывая бояр служить Фёдору и помнить, что от «зла лишь зло родится».
Годунов у историков второй половины XIX в. В «Истории России с древнейших времен» (тома 7 и 8, 1857 и 1858 гг.) С. М. Соловьёв дает оценку Годунову. По его словам, Годунов не смог «явиться царем и упрочить себя и потомство… по неуменью нравственно возвыситься в уровень своему высокому положению». Неуверенность в своих правах развила в нем болезненную подозрительность, заставившую осквернить царство неслыханными доносами. Этим он раздражил родовитых людей и уничтожил уважение к себе. В результате, он пал «вследствие негодования чиноначальников Русской земли». Немалую роль сыграло убийство царевича Дмитрия. Соловьёв пришел к заключению, что в записях современников об убийстве царевича людьми Годунова нет