В августе Москва целовала крест новому царю. Осторожный Борис велел целовать себе крест не в зале Боярской думы, а в Успенском соборе под присмотром патриарха Иова. В тексте присяги подданные обещали «богоизбранному» царю «ни думати,…, ни дружитесь, не ссылатись с царем Симеоном» и выдавать всех, кто захочет «посадити Симеона на Московское государство». Они клялись не изменять царю, не умышлять на его жизнь и здоровье, не вредить ядовитым зельем, не чародейством, доносить о заговорах, не уходить в иные земли. 3 сентября 1598 г. Борис Годунов венчался на царство в Успенском соборе. Во время венчания Борис не смог сдержать чувств и, обратившись к Иову, сказал громко: «Бог свидетель, сему: никто же убо будет в моем царьствии нищ или беден!». Взяв рукой за ворот рубахи, он добавил: «и сию последнюю разделю со всеми!».
Борис – царь России. Царь Борис начал с благодеяний. Служилым людям выплатил тройное годовое жалованье. Сельский народ на год освободил от податей. Торговым людям даровал право беспошлинной торговли на два года. Многих знатных дворян Борис пожаловал должностями и чинами. Особенно щедро он пожаловал думных бояр: Борис на собственном опыте понял, что от них зависит судьба династии. Даже недругов он наградил: Фёдор и Александр Романовы и Богдан Бельский получили думские чины. Через пять месяцев после венчания Бориса состоялся Земский собор. На сей раз в нем участвовала Боярская дума в полном составе. Участники собора подписали документ, подтверждавший права Годунова и его наследников на престол. Все делалось по закону – основы правления династии Годуновых закладывались на века.
Два первых года называют золотым веком царствования Бориса. Царь вникал в заботы каждого края. Все получили льготы: в Новгороде Борис сложил с гостей и посадских налоги и велел отдавать на откуп мелкие промыслы только посадской молодежи. В Корельском уезде дал налоговые льготы на десять лет; в Перми и Сибири освободил на год инородцев от ясака. Вдовы и сироты получали вспоможение. Сидевших в тюрьмах освобождали, ссыльных возвращали домой. Никого не казнили, даже разбойников. И все же Борис не был уверен в прочности династии. Он стал писать грамоты не только от себя, но от сына. Молитву о здравии Годунова и его дома – «чтобы юные, цветущие ветви Борисова Дома возросли благословением Небесным и непрерывно осеняли оную до скончания веков!» – требовалась читать на пирах при питье заздравной царской чаши.
Постоянное напряжение сказалось на здоровье Бориса, с 1600 г. он постоянно болеет. Нет сомнений, что Борис задумывался о будущем Фёдора в случае своей смерти. В это же время поползли слухи, что царевич Дмитрий жив. Болезнь, мысли о сыне, слухи о самозванце многократно усугубили природную подозрительность Бориса и придали ей параноидальный характер.