Итак, в 1588–1589 гг. Годунов не только интриговал, но расправлялся с недругами, хотя без огласки. В этой связи Ключевский писал: «Летописцы верно понимали затруднительное положение Бориса и его сторонников при царе Фёдоре: оно побуждало бить, чтобы не быть побитым». Все же стоит помнить, страх часто приводит к ошибкам. Борис из страха не только совершал преступления, но делал ошибки.[28] Такой ошибкой было удушение «дымом» Ивана Шуйского. Тайное убийство Рюриковича, героя войны с поляками, навсегда испортило репутацию Годунова, и народ стал склонен верить любым слухам о нём.
Угличское дело. 15 мая 1591 г. в Угличе погиб царевич Дмитрий. По призыву Нагих угличане тут же перебили людей, заподозренных в убийстве. Через два дня из Москвы прибыла следственная комиссия во главе с Василием Шуйским. Комиссия установила, что царевичем случилась «падучая», он упал и поранил себя ножом, которым играл с мальчишками в «тычку». Фёдор и патриарх Иов одобрили заключение комиссии. Много позже, после смерти самозванца, Шуйский отказался от своих показаний. Историк Скрынников согласен с выводами комиссии и считает, что в 1591 г. Борис не мог мыслить о троне и идти на риск пятнавшего его убийства. Логика эта не безупречна. Фёдор отличался слабым здоровьем, и Борис имел основания бояться, что престол перейдет к Дмитрию, пусть седьмому, но сыну царя Ивана. Приход Нагих означал для Бориса ссылку либо плаху. Если Борис и не помышлял тогда о царском венце, он не желал терять власть. А сохранить ее он мог только при царе Фёдоре и царице Ирине. Остальные претенденты представляли угрозу. Вот почему была пострижена Мария Старицкая и умерла её дочь.
Нельзя забывать и свидетельство английского дипломата Джерома Горсея, прожившего в России 17 лет, лично знавшего царей и бояр и свободно говорившего по-русски. В книге «Путешествия сэра Джерома Горсея» (1625 г.) он обвиняет Годунова в убийстве царевича Дмитрия. Во время событий в Угличе Горсей жил в Ярославле. Однажды ночью его разбудил стук в ворота:
«Кто-то застучал в мои ворота в полночь. У меня в запасе было много пистолетов