С 1804 г. и все то время, что продолжалось восстание, военная власть не была отделена от гражданской, поэтому многие военачальники выполняли обязанности и гражданских властей. На протяжении всего восстания военные власти всегда имели приоритет по отношению к гражданским. Существовали следующие административно-территориальные единицы, которые также служили основой военно-территориальной организации повстанцев: село, кнежина (соответствует сегодняшнему муниципалитету), нахия (примерно соответствует по размерам современному округу). Сначала имелось 12 нахий, каждая из которых делилась на 2–3 кнежины, которые охватывали по несколько сел. Во главе этих административно-самоуправленческих образований находились сельские, кнежинские и нахийские кнезы, которым в основном и предстояло взять на себя руководство восстанием. Попытка отделения военных властей от гражданских состоится только в результате принятия конституционных актов 1808 и 1811 гг. Но и тогда разделение произойдет не в полной мере.
У повстанцев очень скоро сложилась собственная военная иерархия. Уже в начале мая 1804 г. Карагеоргий подписывается как «верховный воевода», «командующий всей Сербией» и «вождь». Отряды и их командиры из мятежных нахий признают его и подчиняются исходящим от него указаниям. Карагеоргий всех лидеров повстанцев, которые в большинстве своем были и кнезами нахий, утвердил в качестве военных командиров – воевод. В первых повстанческих частях собрались, во-первых, наиболее отважные люди, которые группировались вокруг народных старейшин, во-вторых, бойцы народного войска (1797), а также гайдуки и добровольцы из фрайкоров и Кочиной краины. Ряды повстанцев и особенно командный состав изрядно пополнился за счет прибывавших из Австрии сербов. Среди них имелись как офицеры, так и многочисленные унтер-офицеры, которые перебрались в Сербию еще на начальном этапе восстания. В дальнейшем численность повстанцев увеличилась в результате введения общей воинской повинности.
Первые значимые изменения организационно-штатной структуры сербской повстанческой армии состоялись в конце 1808 г., когда, по предложению секретаря Стефана Живковича, Правительствующий совет сербский постановил приступить к формированию регулярных частей. В соответствии с этим решением Карагеоргий направил командирам нахий распоряжение о структуре, пополнении состава и прочих потребностях постоянной регулярной армии. Вскоре в Белграде был сформирован один пехотный батальон