Академия пока что располагается на Петровском острове, где под её нужды отведено несколько зданий. Самое большое среди них – взятый в казну дворец бывшего вице-канцлера Петра Павловича Шафирова. С 1728 года Академию переведут на Васильевский остров, в двухэтажный дворец царицы Прасковьи Фёдоровны, умершей до окончания строительства.
Мостов между северной и южной частями Петербурга ещё нет, переправа осуществляется зимой – на санях, летом – на лодках. Зато улицы чисто вычищены и в ночное время освещаются фонарями, заправленными конопляным маслом.
Едва обжившись на новом месте, Байер приступает к исполнению своих обязанностей. Академическое объявление о начале чтения публичных лекций именует его «профессором антиквитетов» (древних вещей), который «древности греческие, монеты и достопамятные вещи ветхого Рима изъяснит». Вскоре на него возлагают и заведывание академической гимназией. А при дворе от учёного латиниста ждут похвальных речей и поздравительных од по случаю различных торжеств и празднеств.
Времени на научную деятельность остаётся совсем немного. Но Байер трудится в своём привычном ритме, не различая дня и ночи. Учёные записки Академии наук («Комментарии») издавались на латыни; Байер взялся вести в них исторический отдел. Из-под его пера одно за другим выходят исследования по древней истории.
Необыкновенная масса познаний позволяет Байеру компетентно осветить самые разнообразные вопросы. Он пишет и об Ахейском союзе, и о Греко-Бактрийском царстве, и об истории государства Осроены, или Эдесского царства (в северной Месопотамии), и о забытом римском поэте Тите Вестриции Спуринне, друге Плиния Младшего. Но всё же преимущественно, он, по его собственному признанию, «обращал внимание на восточные древности, которые окружены были ещё мраком…».
Занятия китаистикой снискали ему покровительство архиепископа Феофана Прокоповича и вице-канцлера Андрея Ивановича Остермана, который предоставил в распоряжение Байера латино-китайский словарь, а также другие книги и рукописи из личной библиотеки. Когда 6 июня 1732 года впервые прибывшее в Петербург китайское посольство в течение пяти часов осматривает Академию наук и её достопримечательности, то на память о посещении двум послам и секретарю богдыхана дарят по экземпляру академического сборника «Китайский музей»24, включавшего составленные Байером грамматику и словарь китайского языка.
Разработка древней русской истории не входила в прямые обязанности Байера. Но всё же от него ждали шагов и в этом направлении.
Байер приступил к делу с большой осторожностью и издалека. Серьёзным препятствием для него было незнание русского языка и более того, нежелание его изучать. Равнодушие Байера к языку страны, в которой он поселился и чью историю призван был осветить, удивляло многих – и тогда, и после. Миллер, вспоминая впоследствии эту любопытную черту Байера – филолога