Байер, несомненно, читал труды Фридриха Томаса, поскольку приехал в Данциг не позднее мая 1716 года. Здесь он познакомился с Каспаром Матиасом Родде, выходцем из Нарвы, который состоял на русской службе и охотно развлекал его рассказами о России. От него же Байер впервые услышал о славянской этимологии названий многих немецких городов и областей – Померания, Старигард, Любек, Росток и др.
Однако славянские языки почему-то не вызывают у Байера никакого интереса. Его настоящая страсть – языки восточные. В Берлинской библиотеке он изучает сочинения и рукописи о Китае, в Галле – берёт уроки арабского языка у специалиста по восточным древностям, уроженца Дамаска, Саломона Ассади (Негри); не упускает случая получить представление об эфиопском и сирийском языках, тунгусском и монгольском алфавитах, совершенствует свои познания в греческом, штудируя труды по церковной истории Византии.
Домой Байер возвращается поздней осенью 1717 года, увенчанный учёной степенью магистра, которую получил в Лейпциге. Начинается плодотворный период его преподавательской деятельности. Городские власти предлагают ему должности ректора кафедральный школы и директора городской библиотеки. В нём просыпается историк; он готовит к печати материалы по истории Тевтонского ордена, подумывает о составлении сборника жизнеописаний прусских учёных и с увлечением читает «Атлантику» Рудбека. Материальные дела его неплохи, здоровье идёт на поправку, и в 1720 году Байер заводит семью.
13 июля 1724 года королевским распоряжением городские поселения Альтштадт, Лёбенихт и Кнайпхоф объединяются в один город, который по имени своего исторического центра получает название Кёнигсберг. Тремя месяцами ранее, 22 апреля, в пригороде Кнайпхофа, Фортштадте, на свет появился Иммануил Кант – будущий российский подданный (правда, временно). А в начале года, 28 января, Пётр I подписал указ, гласивший: «Учинить академию, в которой учились бы языкам, также прочим наукам и знатным художествам и переводили бы книги». Царскому указу тоже суждено было сыграть свою роль в истории Кёнигсберга.
Академиков выписали из Европы. К моменту открытия Академии в ней всё ещё оставались незамещёнными гуманитарные кафедры. Лейб-медик и первый президент Академии Лаврентий Блюментрост 5 июня 1725 года извещал одного из своих учёных корреспондентов в Германии, Христиана Вольфа, первого почётного члена Петербургской Академии наук: «Нам ещё необходим при Академии известный историк, который бы мог быть облечён, если пожелает, в звание историографа».
Эта проблема нашла своё разрешение после приезда в Петербург Христиана Гольдбаха, который в свои 35 лет очутился в положении академического патриарха, став самым старшим из академиков. Он рекомендовал на кафедру истории и древностей Байера, своего земляка, хорошего знакомого и адресата многолетней учёной переписки. Предложенная кандидатура понравилась. Имя Байера как исследователя восточных языков было известно в Петербурге, а начальство