Конечно, и в последующие века храм подвергался исправлениям и изменениям, но они не были существенными. Так в XII в. стены храма были украшены мозаикой по золотому полю по повелению византийского имп. Мануила Комнена (1148–1180 гг.); самый храм тогда был покрыт оловом.
В XV в. (в 1482 г.), вследствие порчи крыши, потребовались ремонтные работы, которые и были произведены на средства западных государей (Эдуарда IV Английского и Филиппа Бургундского). В конце XVII в. турки сняли с крыши храма свинец и перелили его на пули, а мозаика Мануила Комнена почти вся осыпалась еще раньше.
Храм Рождества Христова расположен пред большой вымощенной камнем площадью; пред главным входом в храм с запада и доселе открывают следы древнего двора (атриума) первоначальной базилики. Из трех дверей, которые первоначально вели в притвор храма, существует средняя дверь, образующая теперешний главный вход; но и она заложена с давнего времени, а для прохода в храм оставлена только низенькая дверь. Притвор храма темный и разделен стенами на несколько частей. Из притвора внутрь храма прежде вели три двери, но две из них замурованы, а оставлена лишь средняя.
Внутренность храма поражает своею величественною простотою. Она имеет форму величественной залы, разделенной четырьмя рядами колонн из красного мрамора (цельного) с белыми жилками (по 11 колонн в каждом ряду; высота колонн 6 м) на пять продолъных кораблей; причем средний корабль своею шириною вдвое и даже больше превосходит боковые с одной и другой стороны; боковые корабли и ниже среднего. По устройству своему колонны храма не лишены значительной красоты и оригинальности: основание их опирается на четыреугольную плиту; капители их, по виду коринфские, но стиля несколько превращенного; наверху имеют маленькие кресты, высеченные глубоко.
По стенам храма кое-где видны остатки мозаики Михаила Комнена; кроме того, есть изображение последних предков св. Иосифа (полуфигуры), важнейших Вселенских и Поместных Соборов, выше – группы украшений из ветвей с листьями, ликов ангелов на сводах и проч. Эта часть храма отделяется глухою стеною от третьей части храма, в которой и помещается собственно храм над пещерой Рождества Христова. В эту часть храма ведут три двери. Она представляет собственно продолжение среднего корабля, пересекаемого поперечным. Оба эти корабля образуют форму латинского креста; в четырех углах их пересечение находятся четыре пилястра. В абсиде главного среднего корабля находится греческий алтарь и престол, отделенный от западной части храма небольшим амвоном и иконостасом.
Остатки мозаики по стенкам этой части храма изображают различные событие из жизни Христа: в южном абсиде очень своеобразное изображение входа Господа в Иерусалим; в северной абсиде – изображение явления воскресшего Спасителя апостолам вместе с Фомою;