В 1960 году президент Антонин Новотный объявил амнистию заключенным по политическим и экономическим преступлениям, в ходе которой, по официальным данным, вышло на свободу 5601 человек. Впрочем, амнистия затронула далеко не всех, т.к. ее условием было «5 лет безупречного поведения», без попадания в карцер и т. д. В 1960-м году прошли новые политические процессы, в том числе над религиозными активистами. Новые волны амнистий имели место в 1962 и 1965 годах25.
В 1963 году возобновились переговоры с Ватиканом, но до конца 60-х годов единственным положительным результатом, достигнутым в ходе этих переговоров, оставалась экстрадиция в Ватикан Йозефа Берана26.
11 июля 1960 года Национальное собрание Чехословакии утвердило новую Конституцию Чехословацкой республики, в которой был письменно зафиксирован успешный переход страны к социализму. С учетом изменений, внесенных Конституционным законом о Чехословацкой федерации №143 от 27 октября 1968 года, эта конституция действовала на всем протяжении социалистического периода истории Чехословакии. Приведем несколько цитат, имеющих отношение к нашей теме: «Вся культурная политика в Чехословакии, развитие образования, воспитание и преподавание проходят в духе научного мировоззрения, марксизма-ленинизма, в тесной связи с жизнью и трудом народа» (Статья 16, параграф 1). «1. Свобода вероисповедания гарантирована. Каждый может исповедовать любую религиозную веру, либо не иметь исповедания, и осуществлять религиозные ритуалы, если это не противоречит закону. 2. Религиозная вера или убеждения не могут быть причиной отказа исполнять обязанности гражданина, определенные законом» (Статья 32). «1. Высшей обязанностью и вопросом чести каждого гражданина является защита родины и ее социалистического устройства» (Статья 37).
Понятно, что необходимость «защиты родины и ее социалистического устройства» могла вступать в конфликт со свободой вероисповедания. Антон Глинка, салезианец – эмигрант, комментируя эти статьи, заметил, что в них говорится лишь о свободе совести индивидуума; понятие церкви как института в них отсутствует. Религия окончательно стала вопросом частной жизни27.
В 1961 году был принят новый Уголовный кодекс (закон №140 от 29 ноября