Спустя три года пещеру Бенедикта открыли пастухи, и тогда многие узнали о его подвигах. Вскоре к нему явились монахи одного из соседних монастырей, умоляя стать их наставником и пастырем. Святой долго отказывался от этой сомнительной чести и говорил, что его нравы слишком суровы для других монахов. Однако они продолжали досаждать ему просьбами и добились своего. Сделавшись игуменом, Бенедикт установил строгий аскетический образ жизни, в полном соответствии с образом жизни египетских святых отцов, и никому не позволял жить по своей воле. Вскоре монахи стали раскаиваться, что избрали себе такого сурового игумена, а самые негодные из них задумали даже убить Бенедикта. Однажды во время трапезы они подали ему чашу с отравленным вином. Но после того, как святой сотворил над чашей крестное знамение, она распалась на куски словно от удара. Бенедикт тотчас догадался о злом умысле, но не разгневался, а с улыбкой сказал монахам: «О чада! Да помилует вас милосердный Господь! Зачем вы задумали сделать мне это? Поищите себе другого отца, я же не могу больше у вас оставаться».
И он вернулся в свою пещеру. Но, конечно, укрыться там Бенедикт уже не мог. Слава о нем шла по всей стране. Многие оставляли мир, строили келии неподалеку от его пещеры и селились в них. Через несколько лет число братии так умножилось, что лес не мог ее вмещать. Бенедикт разделил всех иноков на 12 частей и устроил 12 монастырей, во главе каждого из которых поставил опытного ученика. Сам он жил на берегу озера в монастыре, посвященном святому мученику Клименту. Но оставаться здесь до смертного часа ему было не суждено. Слава святого вызывала зависть. Местный пресвитер Флорентий очень не любил Бенедикта и всячески старался опорочить и извести его (однажды он послал ему даже отравленную просфору, но святой, имея дар прозорливости, разгадал его злой замысел и не стал вкушать от этой просфоры). В конце концов, тяготясь злобой Флорентия, Бенедикт оставил место своих подвигов и вместе с несколькими учениками (большинство продолжало служение