Тем не менее большинство православных и язычников в Литве сохранили свою веру. Православным остался даже родной брат Ягайло Скиригайло.
При Ягайло в Литве появились первые «православные мученики», ставшие жертвами католического фанатизма.
«Многоверец» Ягайло, приносивший в жертву идеалы немецких рыцарей, столь же ретиво принялся громить православные храмы. Так, по его приказу в 1412 г. в Перемышле поляки силой захватили кафедральный собор во имя Рождества Святого Иоанна Крестителя. Там взломаны гробницы русских князей, кости их выброшены. Храм переосвятили по католическому обряду и передали перемышльскому католическому епископу, а православный епископ должен был удалиться и основать свою кафедру в подгородном селе Вильче.
В 1460 г. собор, построенный князем Володарем Ростиславичем (1119–1124), был разобран поляками, а его материалы использованы для строительства католического кафедрального собора на Подзамке в Перемышле.
Однако православные князья и бояре «Литовской Руси» повсеместно начали давать отпор католическим агрессорам, что заставило ксендзов Ягайло вести там более гибкую религиозную политику.
2 мая 1447 г., вскоре после принятия польской короны, Казимир IV Ягеллончик дал (в Вильно) привилей «литовскому, русскому и жмудскому духовенству, дворянству, рыцарям, шляхте, боярам и местичам». Этот привилей замечателен тем, что им предоставлялись «прелатом, княжатом, рытерем, шляхтичам, боярам, местичом» Литовско-русского государства все те права, вольности и «твердости», какие имеют «прелати, княжата, рытери, шляхтичи, бояре, местичи коруны Полское», то есть население литовско-русских земель уравнивалось в правах и положении своем с населением коронных земель.
В начале 1499 г. киевский митрополит Иосиф предоставил великому князю литовскому Александру «свиток прав великого князя Ярослава Володимеровича», то есть церковный устав Ярослава Мудрого. В этом уставе говорилось о невмешательстве светских лиц и властей в суды духовные и в церковные дела и доходы, так как «вси тые дела духовные в моц митрополита Киевского» и подведомственных ему епископов.
20 марта 1499 г. великий князь особым привилеем подтвердил этот свиток. По этому привилею «мает митрополит Иосиф и по нем будущие митрополиты» и все епископы Киевской митрополии «судити и рядити, и все дела духовные справовати, хрестиянство греческого закону, подле тех прав, выпису того свитка Ярославля, на вечные часы». Все князья и паны «римского закона, как духовные, так и светские», воеводы, старосты, наместники «как римского, так и греческого закона», все должностные лица городских управлений (в том числе и там, где есть или будет Магдебургское право[30]) не должны чинить «кривды»