В 1085 году император Алексей, освободившись от нормандской угрозы, обратил свое внимание на тюркскую проблему. До той поры он мог хоть как-то сдерживать тюрок только за счет неустанных интриг, стравливая их правителей друг с другом. Теперь же, сочетая дипломатию с демонстрацией оружия, он добился заключения договора, который вернул империи Никомедию и анатолийское побережье Мраморного моря. На следующий год его терпеливость была еще больше вознаграждена. Сулейман ибн Кутулмыш, взяв Антиохию, выступил на Халеб, чей арабский правитель позвал на помощь Тутуша. В последовавшей битве под стенами города Тутуш одержал победу, а Сулейман погиб.
Смерть Сулеймана вызвала сумятицу среди тюрок в Анатолии; и Алексей почувствовал себя в своей стихии, настраивая одного вождя против другого, играя на их взаимной зависти, предлагая всем по очереди подкупы и намекая на брачные союзы. Никею уже шесть лет удерживал сельджукский мятежник Абуль-Касим; но в 1092 году Малик-шах заменил его сыном Сулеймана Кылыч-Арсланом I. Тем временем Алексей сумел упрочить свои позиции. Это было нелегко. Единственной территорией, которую ему удалось вернуть, был город Кизик, и он оказался не в силах помешать Данишмендидам расширить их владения на запад и захватить его же родовой замок – Кастамон в Пафлагонии. Императору мешали дворцовые заговоры, а в 1087 году ему пришлось столкнуться с крупным вторжением печенегов с Дуная, которым помогали венгры. Лишь в 1091 году его дипломатические старания, усиленные одной огромной победой, надолго освободили его от угрозы варварских нашествий с севера.
Еще больше тревог вселял Чака, тюркский эмир Смирны. Чака, более честолюбивый, чем большинство его соотечественников, нацелился прибрать к рукам целую империю. Он брал к себе на службу греков, а не тюрок, ибо понимал, что ему нужен сильный флот, но в то же время пытался организовать союз тюркских вождей и выдал свою дочь за молодого Кылыч-Арслана. Между 1080 и 1090 годами он овладел эгейским побережьем и островами Лесбос, Хиос, Самос и Родос. Алексей, одной из первых забот которого было возрождение византийского флота, сумел в конце концов разгромить его корабли у входа в Мраморное море; но угроза оставалась до тех пор, пока в 1092 году Чака не погиб от руки своего зятя Кылыч-Арслана на пиру в Никее. Убийство явилось результатом того совета, который император