Но в Анатолии дела шли все хуже. Имперское правительство потеряло власть над нею, и, хотя немногие местные военачальники, как, например, Исаак Комнин, теперь командовавший Антиохией, поддерживали авторитет императора, сообщение прервалось, и единой политики не существовало. Наконец в 1078 году Никифор Вотаниат, правитель великой Анатолийской фемы в Западно-Центральной Малой Азии, отчасти из-за личных амбиций, а отчасти из-за того, что его в самом деле вывела из терпения слабость правления Михаила, взбунтовался. Но Никифор был генералом без армии. Чтобы раздобыть необходимое войско, он собрал под своими знаменами множество тюрок и использовал их для того, чтобы укомплектовать гарнизонами города, взятые им на пути к столице: Кизик, Никею, Никомедию, Халкидон и Хрисополь. Впервые тюркские воины оказались в крупных городах Западной Анатолии. Пусть они всего лишь наемники нового императора, но ему будет нелегко заставить их уйти. Михаил не оказал сопротивления. Когда Никифор вошел в столицу, он удалился в монастырь. Там он нашел свое истинное призвание. Ему повезло больше, чем большинству низложенных императоров, и несколько лет спустя он – полностью благодаря своим заслугам – возвысился до сана архиепископа. Оставленная им супруга Мария Аланская, родом с Кавказа, прекраснейшая царевна своего времени, мудро предложила свою руку узурпатору.
Никифор обнаружил, что мятежником быть проще, чем императором. Другие военачальники последовали его примеру. На западе Балкан Никифор Вриенний, правитель Диррахия, объявил себя императором и привлек солдат европейских провинций под свои знамена. Против него послали Алексея Комнина с небольшим войском из неподготовленных греческих солдат и немногих франков, которые, как обычно, дезертировали. Только благодаря своевременному прибытию контингента тюркских наемников он смог одолеть Вриенния. Сразу после завершения этой кампании Алексею пришлось отправиться в Фессалию, чтобы подавить еще одного узурпатора – Никифора Василаки. Тем временем взбунтовался тюркский гарнизон в Никее. Папа Григорий, услышав о падении его союзника Михаила, отлучил нового императора; а Роберт Гвискар, подстрекаемый папой, да и сам в ярости из-за разрыва помолвки его дочери, собрался плыть через Адриатическое море. В мае он во главе всех своих сил высадился в Авлоне и выступил на Диррахий. В начале той же весны поднял мятеж крупнейший полководец в Азии Никифор Мелиссин и заключил союз с тюркским султаном Сулейманом, благодаря чему Сулейман смог беспрепятственно войти в Вифинию, где его приветствовали оставленные Вотаниатом тюркские гарнизоны.