Церковь в 1847 г. снесли, иконостас перенесли в Боровицкую башню, где он страдал от сырости и, по сути дела, никем не был видим. Филарет освятил новое помещение церкви 2 мая 1848 г. и произнес проповедь в оправдание разрушителям.
У входа со стороны Кремля поставили крыльцо с каменным шатром, выше которого прикрепили подлинный крест, снятый с церкви, и две мемориальных доски, повествующие о переносе церкви.
В советское время никаких следов – ни надписей, ни креста – от бывшей там церкви не осталось.
При том же Валуеве снесли подворье Троице-Сергиева монастыря и Годуновский дворец у Троицкой башни и на освободившемся месте выстроили здание для размещения сокровищ Оружейной палаты, которые ютились в нескольких малоприспособленных и тесных помещениях – только в 1485 г. выстроили двухэтажное здание на Соборной площади между Архангельским и Благовещенским соборами, но и оно со временем оказалось тесным.
Новое здание Оружейной палаты построено в 1806–1809 гг. (отделка продолжалась до середины 1812 г.) по проекту талантливого архитектора И.В. Еготова, автора таких шедевров классицизма, как здания Военного госпиталя в Лефортове, усадьба Дурасова в Люблине и др. Новое здание явилось заключительным аккордом образования классического кремлевского ансамбля у Никольской башни, состоявшего из здания Сената, Арсенала и Оружейной палаты. Как писали тогда, «конечно, по важности сего хранилища древностей отечественных в Москве нет здания другого ему равного: кажется с сим согласовался и архитектор, сочиняя план сего Музея – какой величественный вид! Главный фасад обращен к Никольским воротам на площадь, окруженную Сенатом и Арсеналом, – самое соседство сих двух зданий придает важность нашей Оружейной Палате – Оружие и Закон ограждают путь к Святилищу славы наших предков».
Напротив Никольских ворот стояло протяженное двухэтажное здание, с выделенным восемью колоннами и куполом центром, щедро украшенное барельефами и скульптурами (над наружной отделкой здания работал скульптор Г.Т. Замараев). На карнизе находились фигуры Добрыни, крестившего Новгород, воеводы Претича из Повести временных лет, героев Куликовской битвы Пересвета и Осляби, покорителя Сибири Ермака Тимофеевича, освободителей Москвы от польско-литовских захватчиков Козьмы Минина и Дмитрия Пожарского. Рядом с ними стояли статуи государственных деятелей Д.Д. Холмского, А.Л. Ордин-Нащокина, А.С. Матвеева, В.В. Голицына и др. На стенах поставлены барельефы, изображавшие сцены из русской истории. Оружейная палата работала в этом здании до 1851 г.,