Каждое большое строительство в Кремле сопровождалось потерями. При сооружении огромного здания Сената на месте двора князей Трубецких, конюшенного двора Чудова монастыря и двух подворий снесли вместе с кладбищем церковь Козьмы и Дамиана, известную по документам с 1475 г., к которой позднее был пристроен придел, иногда обозначаемый как отдельная церковь во имя митрополита Филиппа.
В конце XVIII в. Кремль едва избежал грандиозных разрушений, могущих сравниться только с тем, что произошло в советское время. Когда Екатерина II затеяла строить в Кремле новый дворец, то разобрали большую часть кремлевской крепостной стены с южной стороны, Запасной двор с набережными садами, а также сломали любопытнейшие здания приказов, стоявшие длинной линией (124 м) по южной бровке кремлевского холма. Они были возведены по указу царя Алексея Михайловича в 1675 г. и надстроены при его сыне вторым этажом, куда вели длинные лестницы с крыльцами. Над палатами приказов стояли две церкви – Александра Невского и Черниговских чудотворцев князя Михаила и боярина его Федора. Мощи чудотворцев определили перенести в Архангельский собор, причем случился конфуз: когда вскрыли гробницу, то оказалось, что «болярина же его святаго Феодора мощей в оной раке и церкви не явствует», однако сложили все, что обнаружилось там, обратно и унесли в Архангельский собор.
Восхищенный пиит Сумароков откликнулся на грядущую перемену:
Низвержена гора Монаршескою волей,
И Кремль украсится своею новой долей:
Со славою придет Паллада к сим местам
И будет обитать, ко славе Россов, там.
Однако из-за финансовых затруднений постройку колоссального дворца остановили и даже восстановили разрушенные стены и башни.
Особенно большой урон нанес Кремлю П.С. Валуев, заступивший в 1801 г. на должность руководителя Дворцового ведомства, ярый сторонник порядка и неистовый противник старых зданий, внушавших ему отвращение. Он обратился к императору Александру I за разрешением снести некоторые кремлевские строения, которые «помрачают своим неблагообразным видом все прочие великолепнейшие здания», и получил carte blanche, а просвещенный император