1-е управление (разведка за границей, возглавил его П.М. Фитин20);
2-е управление (контрразведывательное, П.В. Федотов);
3-е управление (секретно-политическое, С.Р. Мильштейн);
Следственная часть (Л.Е. Влодзимирский).
Одновременно (до 17 июля 1941 г.) военная контрразведка – особые отделы – были переданы из ведения НКВД в народные комиссариаты обороны и военно-морского флота. На базе Особого отдела НКВД СССР были образованы Третьи управления Народного комиссариата обороны (НКО, его возглавил А.Н. Михеев21), и Народного комиссариата военно-морского флота (НКВМФ, А.И. Петров) СССР. В структуре НКГБ СССР для оперативного обслуживания пограничных и других войск НКВД был образован 3-й отдел (А.М. Беляев). Особые отделы военных округов стали третьими отделами их управлений.
19 апреля 1941 г. ЦК ВКП(б) и Совет Народных Комиссаров СССР приняли дополнительное постановление о работе органов военной контрразведки, гласившее:
«Ввести в штаты Третьих управлений НКО и НКВМФ (в центре, в округах, армиях, корпусах, бригадах, укрепленных районах, гарнизонах, военных академиях, училищах, флотах, флотилиях и военно-морских базах) должности заместителей начальников Третьих управлений (отделов, отделений), непосредственно подчинив их соответствующим НКГБ – УНКВД по территориальности, с одновременным их подчинением начальникам Третьих управлений (отделов, отделений)…».
Главной задачей этих заместителей являлась организация практического оперативного взаимодействия между отделениями – отделами военной контрразведки с территориальными органами НКВД-НКГБ. Одновременно заместители начальников Третьих отделов управлений военных округов входили в состав советов НКГБ-НКВД республик СССР, образуемых в целях улучшения координации оперативной работы, выработки общих установок и подходов к решению контрразведывательных задач. (Руководство указанными Советами НКГБ-НКВД возлагалось на руководителей наркоматов союзных республик СССР).
В мае 1941 г. Петр Иванович получил новое назначение заместителем начальника Третьего отдела Закавказского военного округа (ЗакВО), управление которого дислоцировалось в г. Тбилиси. В состав округа входили войска, дислоцировавшиеся на территории Армянской, Азербайджанской и Грузинской Советских Социалистических Республик, задачей которых являлось войсковое прикрытие государственной границы СССР с Турцией и Ираном, и многокилометрового побережья Черного моря от Батуми на юге до Сочи на севере от возможной вооруженной агрессии.
О задачах и содержании работы Петра Ивановича на новой должности можно судить по целому ряду директивных документов.
При этом одной из главных задач военных контрразведчиков являлась борьба с разведывательно-подрывной деятельностью иностранных разведок.
Вот как ориентировка Особого отдела НКВД СССР от 30 ноября 1940 г., освещала "некоторые моменты работы германской разведки", установленные в процессе агентурной