В основе критики религиозной мифологии, у атеистов древности лежит учение о материальном первоначале мира, идея его развития по естественным законам. Китайский атеист Ван Чун (1 в.) первоначалом считал «первичный эфир» (сгущающий «ци»), образующий многообразие вещей, в т.ч. человека с его душой, отвергал «небесного владыку», духов, в которых верили китайцы. Большую роль в развитии античного атеизма сыграла атомистическая теория Демокрита, Эпикура и Лукреция, выводом из которой была идея вечности и бесконечности мира, подрывавшая представление о мире как порождении богов. Атомизм содействовал борьбе со страхом смерти, культивировавшимся религиозным учением о мрачном Аиде, Гадесе – в древнегреческой мифологии боге подземного царства мертвых, само это царство. В представлениях греков Аид – место суда над душами и воздаяния им за их земные дела. Представление древних об Аиде было частично воспринято христианством в понятии ада.
Душа, согласно атомистам, состоит из атомов и разлагается вместе с телом; загробной жизни нет. Освобождение от страха смерти – одно из проявлений гуманизма античного атеизма, впервые поставившего вопрос о возникновении религии.
Господство религии во всех сферах общественного сознания в эпоху феодализма обусловило специфическую форму критики религии, несвободную от религиозных наслоений; к тому же свободомыслие этого времени выступало не как система взглядов, а как совокупность отдельных идей, в той или иной мере подрывавших религиозное мировоззрение.
Попытка осмыслить причины религии проявилась в учении о 3-х обманщиках: Моисее, Христе и Мухаммеде – основателях иудаизма, христианства и ислама. «О 3-х обманщиках» – средневековой трактат, в котором доказывается ложность иудаизма, христианства и ислама. Эта идея возникла в 9 в. на Ближнем Востоке и с 13 в. распространилась в Европе. Авторство трактата приписывалось многим лицам на протяжении 9 – 17 вв. К 21 в. известен анонимный трактат «О 3-х обманщиках. Год 1598» на латинском языке (не ранее 2-й пол. 17 в.), а также сходный с ним – «Мысли Спинозы» (Гаага, 1719 г., на франц. языке). Автор трактата «О 3-х обманщиках» ставит вопрос о необходимости исследования каждой религии и секты и обосновывает идею преемственности религий: иудаизм опирается на язычество, христианство – на иудаизм, ислам – на христианство и иудаизм. Трактат на русском языке опубликован в книге «Анонимные атеистические трактаты» (М., 1969 г.).
Иоанн Итал (2-я пол 11 в.) – византийский философ с позиций рационализма критиковал церковное учение о боговоплощении, о чудесах Христа, богородице и святых, о сотворении мира из ничего. Мир, по Иоанну, творится из вечной материи по идеям как образцам